男性非淋菌性尿道炎潜伏期为1～3周，临床表现为尿道内有粘液或粘液脓性分泌物，并伴有尿痛、尿道不适等症状。也可无自觉症状而仅有脓尿（晨起第一次尿液离心沉渣涂片10-15ml高倍视野多形核白细胞≥15个/高倍视野），或尿道拭子涂片阳性（尿道拭子涂片大量有核白细胞≥5/油浸视场）。
男性非淋菌性尿道炎的主要并发症有前列腺炎、附睾炎、精囊性精索炎。
（1）非淋菌性前列腺炎：支原体和衣原体引起的前列腺炎一般称为非淋菌性前列腺炎。50%～60%的男性非淋菌性尿道炎会发生前列腺炎。尤其是后尿路感染，支原体或衣原体可通过前列腺管直接进入腺体，导致前列腺急慢性炎症。临床表现为尿频、尿急、尿痛，尿道口有白色分泌物溢出，会阴部不适、疼痛。诊断要点：①发病年龄为20～40岁青壮年，常有尿频、尿痛、尿道口有分泌物。②小腹、会阴、阴囊肿胀不适，腰痛。③性功能减退、性欲减退、射精痛、血精、阳痿、遗精、早泄、不孕等。④精神症状包括抑郁、头晕、眼花、乏力、失眠、精神抑郁。⑤直肠指诊：前列腺有不同程度的压痛。⑥实验室检查：前列腺液白细胞>10个/HP[高倍视野（lOx40）]，或脓细胞和白细胞成群堆积，卵磷脂体减少或消失，前列腺液培养可发现支原体或衣原体。
（2）附睾炎：男性患者，如果非淋菌性尿道炎得不到治疗或治疗不当，沙眼衣原体感染可进一步引起附睾炎。在35岁以下性活跃的男性中，附睾炎的主要原因是沙眼衣原体和淋病奈瑟菌。在35岁以上的男性中，附睾炎主要是由于大肠杆菌等革兰氏阴性菌引起的。附睾炎的临床表现为一侧附睾疼痛、肿胀、压痛。炎症明显时，阴囊表面皮肤充血、发红、水肿。部分患者并发睾丸炎，阴囊明显肿胀、潮红、疼痛，输精管变粗。
