女性非淋菌性尿道炎可能会出现与急性细菌性膀胱炎相似的症状，如尿痛、尿频、尿急。但大多数感染者只有轻微症状或没有症状。60%～80%的尿道沙眼衣原体感染患者同时并发宫颈感染，引起宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎；肛周分泌物污染可引起肛周炎症和直肠炎。
(l)宫颈炎：大多数女性的感染侵袭部位是宫颈管。70%～90%的女性宫颈沙眼衣原体感染是无症状的，可持续数月至数年。当出现症状时，可能会出现白带异常、非月经或性交后出血。多数患者宫颈外观可正常，也可见宫颈接触性出血、宫颈管粘液脓性分泌物、宫颈红肿、异位等。“拭子试验”为阳性（即衣原体、支原体侵入子宫内膜时，将棉签插入宫颈管内并轻轻转动，取出后肉眼可见呈淡黄色或黄色，这被称为拭子测试阳性）。
（2）盆腔炎：宫颈衣原体感染如果不治疗，至少有20%可以向上感染到上生殖道。如阴道冲洗会增加上行感染的风险。在有症状的PID中，沙眼衣原体感染占lO%-60%。有症状的衣原体输卵管炎表现为下腹痛、性交痛等，长期持续感染可引起输卵管结疤、阻塞，导致输卵管性不孕、宫外孕和慢性盆腔痛。
另外，过去认为肝周炎是淋球菌感染引起的（该病的特点是右上腹部剧痛，类似胆结石发作），现在研究表明沙眼衣原体也是一种常见病引起疾病的病原体。
