前任四总督吴棠骤然调动大军，办理并非恰当，交部议处；
护理四川总督文格失察部队军纪，交部议处。
慈禧将丁宝桢的结论下发六部九卿议处，许多大臣都表示反对。
光绪四年正月，翰林院侍讲张佩纶弹劾丁宝桢轻纵李有恒，奏请改派专人查办此案。
二月初一，慈禧下令，改派两江总督李宗羲查明案情。
几经反复
李宗羲是四川开县人，熟悉川蜀民风民情，且为人刚直，是最佳的查案人选。
他接旨后，命随从乔装成百姓，悄悄来到东乡县调查。等地方官得知李大人驾到时，他已把事情原委弄明白了。
光绪四年六月初六，李宗羲上奏查访结果：
东乡赋税极其繁杂沉重，各项杂税竟十倍于正税。地方局绅提前垫银交官，然后利滚利地向百姓征收，乡民不堪承受，怨声沸腾。
袁廷蛟之所以没能到府清算税账，是受局绅们欺骗。
团首李开邦，吴芳体邀请袁廷蛟到官渡场，与局绅梁天贵算账。当夜却指使放火，诬告袁廷蛟抢场，并杀伤九人。
会匪吴奉山闻风而至，乘机抢劫场内店铺。
知县孙定扬听说官渡场滋事，不能亲自探查，却听局绅之言，贸然请兵剿匪。
大军进驻后，官兵在乡村抢劫，且强奸妇女，百姓们愤怒不已。
团首李开邦、吴芳体诬告王英祥为袁廷蛟党羽，官兵将他拘拿营中。王盛祥带人喧嚷要人。刘道宗便派兵出战，事后又污蔑为“乱党扑营”。
百姓纷纷躲进山寨，误会进一步加深。于是就有了所谓的“东乡平乱之战”！
李有恒因为捉不到袁廷蛟，便分派官兵，以捕拿要犯为名到附近各县作恶。乡民李廷鸾，开县道林寺僧人普集，都死于官兵袭扰。
东乡局绅侵蚀捐税多年，团首李开邦，吴芳体与局绅向若璠三人，无恶不作，撒谎请兵，李有恒屠戮良民，此四人乃罪魁祸首，应严惩不贷。
丁宝桢知李宗羲的结论与自己相反，一面上奏坚持自己调查无误，一面竟派人将关押在成都的袁廷蛟父子毒死。
可怜袁廷蛟为民请命，最后却落得惨死！
由于丁宝桢和李宗羲各自坚持己见，慈禧只好派礼部尚书恩承，侍郎童华为钦差大臣，再往四川查办。
二人谁也不想得罪，调查了半年后，把丁宝桢和李宗羲的结论折中了一下上奏：
袁廷蛟的确聚众谋反；东乡县赋税十分沉重；李有恒等将领也的确抢劫杀人！
国子监司业张之洞看不下去了，他上书说东乡案事关重大，已有结论不能服人，建议刑部直接调查此案。
水落石出
慈禧太后对张之洞的上奏不得不重视，她终于下定决心，要查清案情。
光绪五年五月二十日，慈禧准张之洞所奏，令刑部直接调集相关卷宗，人证到京严审。
同时，令库伦办事大臣文格开缺来京，接受调查。
慈禧的重视令大小官员再也不敢敷衍了事，经过一个月的审讯，李有恒和东乡局绅们纷纷供出真相。
六月二十九日，刑部上奏了从袁廷蛟抗税到李有恒等人血洗东乡县的完整过程。
局绅们的丑恶，官兵的残暴，各级官吏的昏庸，全都暴露在最高统治者面前。
最终，刑部将东乡血案认定为官兵滥杀无辜，并附上处理意见：
李有恒，孙定扬拟斩监候，秋后处决；
东乡局绅张裕康，冉正杓怂恿请兵剿民，败坏局势，两人都是候选知府，革职后发配新疆，永不释回；
监生李开邦，吴芳体，贡生向若璠，三人都怂恿发兵，酿成巨案，革去功名，流放四千里，发极边充军，永不释回；
提督刘道宗，王照南、总兵雷玉春杀良冒功，革职后杖一百，发配黑龙江；
总兵刘楚华放任官兵作恶，致使唐乐籍全家毙命，革职后杖一百，徒三年再发往军台效力赎罪；
游击方荣升将僧人普集打伤毙命，革职，后杖一百，徒三年再发军台效力；
继任知府王元晋，知县周瀚无能溺职，革职。
游击黄开泰，参将尹化龙，已革知县长廉，千总杨开泰，世职蔡启祥，已经病故的把总许安国，均免于处罚。
