李瀚章到任不久，便又奉旨改任湖广总督，彻查工作仍由文格全权负责。
包庇官军
文格很快奏报了复查情况：
袁廷蛟勾结外匪，起兵叛乱，前督臣吴棠调派大军到东乡平乱。李有恒率部掳掠妇女，但经查证，皆是谣传。
三月初破寨后，李有恒所部有散兵游勇抢夺百姓耕牛，李有恒已将耕牛还给失主，且将抢牛兵丁正法。
至于滥杀无辜，纵火烧杀之事，更是无稽之谈。
如果大军有不法行为，为何事后并无百姓前来控告。况且，李有恒回防后，士绅官民爆竹欢迎。
可见，这是袁廷蛟故意散布谣言。
谢思友初到东乡时，因为犍为县有土匪聚众滋事，省城官兵前去剿灭，城内兵力空虚，所以我将谢思友调回成都，并非他主动撤军。
谢思友的确诉说过东乡并无叛乱，但他拔营第三日便发生乱军扑营之事，可见谢思友也是被袁廷蛟迷惑了。
李有恒久历戎行，转战多省，同治三年经前四川总督骆秉章奏留在川有十多年。如果朝廷因为谣言处罚李有恒的话，恐会令军士寒心！
至于绥宁府和东乡县的官员是否有听任局绅把持税收，则有待审问。请将东乡知县孙定扬，长廉解职，接受调查。
复查奏折一公布，便引来官员们的质疑！
陕西道监察御史李廷萧斥责文格不辩是非，用已故的吴棠和骆秉章做挡箭牌，分明是用心险恶！
他建议朝廷另派大员前往查办，务求查个水落石出。
扑朔迷离
九月初四，都察院接到在京的四川籍京官，内阁，翰林院，户部、兵部、刑部，工部等衙门的同乡官员，及四川籍贡士，举人等共计四十七人的联名状。
众人呈控李有恒率部洗劫，滥杀无辜，并附上多条证据！
慈禧只得命文格重审，不得再有疏漏。不及后，朝廷正式任命丁宝桢为四川总督。
文格得知后，于十月二十一日上奏：
请将提督李有恒，提督刘道宗分别革职，一并交给新总督丁宝桢审讯。
慈禧同意，并把文格升任山东巡抚，调离了四川。
丁宝桢并非昏庸之人，但他是靠镇压太平军起家的，对反抗官府的民间力量抱有很深的偏见，这就注定了他不可能秉公查案。
光绪三年九月初六，丁宝桢经过一年的审讯，上奏了调查结果：
袁廷蛟以减粮为借口图谋私利，知府易荫芝不捉拿袁廷蛟惩治，任他带领百姓沿乡滋扰。
知县孙定扬到任后，以匪徒滋事，县城危急为由请兵援剿。前任总督吴棠派拨官军四千余人之多，严檄各营迅图扫荡。
李有恒等人到东乡后，先以安抚为主，声明只拿首恶，按兵不动。各乡百姓尚无十分惊疑。
此时，孙定扬与局绅议派次年捐输，还要提高银钱兑比，并在官渡场招募兵勇，要向场内百姓抽税，致使百姓与兵勇发生冲突。
袁廷蛟借此鼓动百姓扑营，官兵反击，大败暴民。各处百姓怀疑官兵要痛剿，纷纷退避山寨。
官军怀疑百姓武装顽抗，就用力进攻，杀戮遂至数百人之多。
奏折的最后，丁宝桢附上了处理意见：
袁廷蛟纠众围城，率众扑营，按谋反罪判斩立决；
东乡知县长廉不能革除整政，革职；
暑理东乡知县孙定扬处置失当，仓皇请剿，酿成大案，革职发往军台效力赎罪；
绥定知府易荫芝做事糊涂，因已降职，免于处罚；
继任知府王元晋，继任知县周瀚未能禀报袁廷蛟闹粮，将领掳掠等事，请求交部议处；
提督刘道宗、总兵雷玉春率部杀伤百姓，属正常战斗伤亡。但治军不严，致使民间怨声载道。
请将刘道宗革职，杖一百，流三千里，发往新疆赎罪；
雷玉春革职，杖八十，发往军台赎罪；
李有恒身为诸军统帅，不能对部将严加约束，革职处分；
东乡军官许安国，杨开泰，蔡启祥等在带兵查办时，畏众潜逃，并丢弃器械马匹，懦弱无能到极点，一并革职；
局绅王宗恩，团首吴芳体等人并无勒派浮收，无罪释放。
