在征税管理方面，除乱立名目、乱收费、乱罚款、乱摊派外， 对应征应收部分的管理也存在很大漏洞。明朝规定，宗室、有爵位者、官员和有功名者可享受一定数量的免征特权，一些人便打起这方面的主意，将土地置于这些特权者名下。据弘治十五年（1502年）的统计，全国当时的田地总数为8357 万顷有余，但朝廷能征收到田赋的土地仅4228万多顷，有约一半的土地因为各种理由而享受免征税待遇。一些豪强、地主还勾结官员，隐匿土地、田产，从而逃避纳税，这一部分土地究竟有多少，朝廷并不清楚。
就地方政府而言，支出不断增加，正税的税基却很难增长，只好不断增大加派的各类杂税数额。地方官员趁机上下其手，浑水摸鱼，造成严重混乱，如同无数条大小河流注入一片沼泽，结果水没能成为资源，反而形成了一个越来越大的泥潭。朝廷虽然掌握这些情况，但无法制止，反而给予默认。宣德八年（1433年）周忱奏行《加耗折征例》，将加派制度化，统一标准并争取逐年递减。但是，这项措施并不能改变入不敷出的根本问题，逐年递减成为空想，各地仍维持着乱征税的局面。
自救失败
在解决财政难题方面，明朝政府曾对发行纸钞寄予厚望。元朝以纸钞为主币，由于滥发严重，造成金融崩溃。鉴于此，明朝初年规定以铜钱为主币，铸“洪武通宝”与历代铜钱兼用。但由于铜材缺乏，铜钱不够流通所用，“而商贾沿元之旧习用钞，多不用钱”，所以洪武八年（1375年） “诏中书省造大明宝钞，命民间通行”。纸钞发行后，朝廷“禁民间不得以金银物货交易，违者罪之”，宝钞一度成为法定主币。
纵观宋朝与元朝，都未能逃出将纸币当成“提款机”从而造成金融大混乱的结局，明朝也一样。明朝强化宝钞的金融地位，却不按货币规律行事，没有建立货币准备金制度，宝钞的印制、发行和流通全部依赖行政权力，势必难以长久。果然，朱元璋还在世时，宝钞就开始贬值。洪武二十三年（1390年），朱元璋对户部尚书赵勉说：“近闻两浙市民有以钞一贯折钱二百五十文者，此甚非便，尔等与工部议，凡两浙市肆之民，令其纳铜送京师，铸钱相兼行使。”从中可以看出，此时宝钞只有最初发行价值的四分之一了。其后宝钞加速贬值，一路直下。《明英宗实录》记载，正统十三年（1448年） “每钞一贯折铜钱二文”，仅剩发行时价值的五百分之一了。宝钞的失败，从根源上看是朝廷把发行纸币当作弥补财政亏空的手段，这是一种本末倒置的行为，当财政亏空越来越大时，宝钞发行额也将不加节制地增加，结局可想而知。
加派的杂税太多太滥，既加重了百姓负担，加剧了社会矛盾，也无法有效管理。针对这种情况，万历朝之前曾出现过一些征税改革， 试图将各类杂税、摊派折算到田亩里统一征收，如江南的征一法、江西的鼠尾册、东南的十段锦法、浙江和广东的均平银法、福建的纲银法等。至万历朝，张居正综合各种办法的优长推出了一条鞭法，核心是将田赋和各种杂税、徭役合并征收，摊入田亩，除政府需要征收的米、麦外，其他一律折收银两。与征税改革配套，朝廷统一清丈全国土地，清查溢额脱漏，从而使财政收入明显增加。从太仓银库的收入看，隆庆元年（1567年）仅为23万两，万历五年（1577年）就猛增到435.94万两，10年间增长了近20倍。
一条鞭法的推行在一定程度上缓解了明朝的财政危机，也减轻了百姓的部分负担。然而，一条鞭法重在征收方式的改变，这样的革新放在明朝初年或许有效，当社会矛盾、民族矛盾日益突出时，仅靠技术性改革已无法解决根本性问题，这时的社会需要一场更广范围、更深力度的综合性改革。可现实是，一条鞭法推出就已经遇到了不少阻力，张居正死后，这些阻力更大了，在万历朝时，各类已取消的加派便已死灰复燃，之后迅速蔓延，一条鞭法名存实亡了。
至明末，农民起义四起，朝廷为镇压起义军而加征剿饷、练饷。随着后金入侵，辽东战事吃紧，军饷更加不足，又加征辽饷。剿饷、练饷本为临时性加派，辽东战事一起变成了“岁额”。“三饷”的征收是百姓在正税及各种已有杂税之外的又一大笔沉重负担，崇祯朝每年征收的“三饷” 高达2000万两，张居正费尽心力才使朝廷库银每年增加到400多万两，两相对比可看出“三饷”是多么沉重。
