拿到了名单的袁崇焕，自然就知道怎么处理最佳了。
一方面，告诉士兵们，朝廷只处分那些罪大恶极的兵变者，稳住人心以后，再按照名单，派兵抓捕了这些名单上的人。
一切准备就绪，袁崇焕就在巡抚衙门开堂问审兵变一案。当那些参与兵变的被押解上来以后，再经过亲历现场的郭广指认，当场斩杀了十五名罪大恶极的兵变士兵。
杀了带头兵变的士兵，那些对兵变无所作为的军官们，自然也不会被置身事外，袁崇焕的大棒很快就落在了他们的头上。
中军吴国琦，因为知情不报，被斩首处分。参将彭簪古，要不是因为此前宁远守城有功，这次被从轻发落，否则和吴国琦就是一样的下场。
对那些在兵变时没有履行职责出面阻止兵变的中下级军官，袁崇焕也都对他们进行了处分。
这其中就包括后来的宁南侯左良玉，时任辽东车右营都司，被免职。
在这场兵变中，唯一洁身自好没有参与的，是祖大乐营，则得到了袁崇焕的嘉奖。祖大乐是祖大寿的弟弟，祖大寿时任辽东前锋总兵官，算是袁崇焕的亲信。
至此，在袁崇焕的断然处置下，轰动大明朝的宁远兵变到此结束。
但因此产生的历史影响，却才是刚刚开始，因为它动摇了大明朝统治的根基。
那么，为什么军队的饷银不能按时发放呢？解读宁远兵变的深层次原因
实际上，因为欠饷发生的宁远兵变并不是大明朝的第一次。在明朝的后期，发生过不少兵变事件，如嘉靖年间，因为粮饷问题和苦役导致的两次大同兵变，兵变的士兵就把待兵残忍的巡抚张文锦给干掉了。
这次宁远兵变，原因则很单纯，那就是朝廷欠薪了，兵变者完全就是为了讨薪，并没有什么其它诉求在里面。
我们顺便说说宁远，也就是今天辽宁省葫芦岛的兴城市，因为国内有好几个叫宁远的城市，民国二年，辽宁的这个宁远改用以前的曾用名兴城。宁远卫就是当年辽东十三营部队驻扎地。
作为防守东北的最前沿，朝廷真的没有饷银可以发放吗？当然不是，虽然当时明王朝的资金很困难，但准备给辽东的军费还是有的。
之所以没有按时发放，完全就是崇祯皇帝上台以后，东林党人把持朝政的败家之作。
发生兵变的十三营，属于卫所制，实行的是传统的兵役制度，是朱元璋时期流传下来的，已经不能适应明朝形势的变化；另一方面，逐渐兴起的亲卫兵制，不论是政治待遇还是经济待遇，都远远在卫所制士兵之上。
被欠薪的，当然就是这些卫所制的军营。
那么，为什么会欠他们的饷银呢？这既和当时的局势有关，也与掌管财政大权的户部左侍郎王家祯有关了。
正常情况下，主持户部的自然是尚书了，还轮不到他这个左侍郎。但由于明熹宗耽于朝政，三部六院缺员厉害，所以就由王家祯主持工作了。
巧的是，新任户部侍郎毕自严，便是那个自杀的巡抚毕自肃的哥哥，五月份刚刚被任命为户部尚书；不巧的是，当时毕自严还在山东，正在去京城赴任的路上。
这个王家祯不知道脑子是有毛病还是故意刁难，朝廷给辽东的饷银，那是专款专用的。但王家祯却以西边宣化府事急为由，把辽东的专款拨给了宣化，这下子本来就延迟许久的辽东饷银又泡了汤，只拨款区区两万，杯水车薪都不如。
