摩尼殿檐下斗拱宏大，分布疏朗。殿里的几十根木柱都是从宋代保存至今，绝无替换痕迹。四面抱厦有门窗，仅有栱眼壁略通光线，故殿内采光欠佳。当然，这种昏暗也营造了神圣幽深的氛围，让人不敢高声言语。
梁思成曾四次探访摩尼殿，可见这栋建筑的重要性：
第一次考察摩尼殿在1933年4月，时任营造学社法式部主任的梁思成，慕名来到正定，他对隆兴寺摩尼殿十字形平面建筑格局、四面各出一歇山式抱厦惊叹不已，称“只在宋画里见过”；“与《营造法式》完全相同的斗拱，和许多许多精美的构造，使我们高兴到发狂”。
梁思成1933年绘制的摩尼殿结构草图
第二次考察在同年11月，他携林徽因一同详细地校正了旧时图物，并做了细致测量，称摩尼殿“重叠雄伟，可以算是艺臻极品，而在中国建筑里也是别开生面”。在以后的著述和教学中，梁先生将摩尼殿作为实物中罕见珍例，列入《历代木构殿堂外观演变图》，使这一生动典范永载建筑史。
梁思成绘历代木构殿堂外观演变图，右上角为摩尼殿。
第三次考察是在1952年，出任清华大学土木建筑系主任的梁思成，专门利用暑假带学生来到正定，不顾酷暑，历时一个多月，绘制摩尼殿整个建筑结构。
第四次探访是在1963年，由于摩尼殿的建筑年代，历史文献均无记载，梁思成根据建筑形制反复深思后提出，摩尼殿可能建于宋仁宗年间1050年左右。梁当时的判断与落架大修时发现的多处墨书题记正相吻合——摩尼殿始建于公元1052年。
摩尼殿集多种艺术于一身。殿内佛坛上，供奉五尊金装彩塑佛像。正中为释迦牟尼佛坐像，庄严凝重，睿智脱俗。左侧站立弟子迦叶，双手抱拳，老诚持重。右侧站立弟子阿难，双手合十，聪慧虔诚，显示了宋代匠师的高超技艺。
殿内各壁还满布以佛教故事为题材的壁画，壁画原面积应为388.64平方米,现存335.06平方米，多为明代绘制，色彩绚丽，结构严谨，线条流畅，堪称上乘之作。
1977年至1980年，摩尼殿进行了落架大修。随着大殿墙体的拆除、重砌，檐墙墙体内壁的壁画也经历了揭取、修复和原位归安。
