唐人开凿的孔雀洞。宗春启 摄
许用宾的《重修金阁寺碑》立于万历年间。碑文中说，根据古《刘师堰石记》（戾陵堰又名刘师堰）记载，“金阁寺自晋唐以来所藏石经，碎而言断，岩穴鲜有存焉。”另外在《重建石景山天主宫碑记》有记载，石景山“自唐武德初建有玉皇殿”。武德，是唐高祖李渊的年号（618年-626年）。由此可证明：石景山上建寺庙至少有一千四百多年的历史了。所以，民间有“先有金阁寺，后有北京城”之说。
据《日下旧闻考》中记载：“（石景山）山巅有塔，塔下南北为城关。南门额曰舍利宝塔，高约四丈余，四正作方屋如阁，四隅作圆屋如亭，内皆塑护塔神像。”寺庙有僧人，舍利塔是得道高僧的坟塔；西面山崖的岩壁上，有人工开凿的方形石洞，为圆寂僧人的瘗骨之处。光绪初年，石景山庙宇已经香火稀疏，但金阁寺塔还在。
《日下旧闻考》中“谨按”说，“（石景）山有石经台、普观洞、普安洞、还源洞、孔雀洞诸胜。孔雀洞左右门上截题识曰：佛本行集经卷第三十一，幽州卢龙两节度使刘相公敬造，元和十四年四月八日建；下截刊佛经语。其地当石经台之阴，殆藏经处也”。
元和，是唐宪宗李纯的年号，元和十四年即公元819年。幽州、卢龙两节度使刘相公即刘总，唐朝中期藩镇将领刘济之次子，幽州昌平人，卒于821年。据史书记载，刘总为了夺取军政大权，毒死了自己的父亲刘济，乱棒打死了其兄刘绲。他当上了节度使之后，良心不安，疑神疑鬼，“数见父兄为祟”，以致“惊不能寐”。为了摆脱鬼魂的困扰，他在官署里供养了数百僧人，昼夜作佛事超度。但是没用，“晚年益惨悸”，越发害怕，刘总索性剃发为僧，将宅第改为佛寺。石景山上那些藏经的石洞，大概就是刘总在这种背景下命人开凿的。这些洞有些现在还保存完好。
石景山上大规模建设道观，是在明朝正德年间。《春明梦余录》卷三十九《内阁杨廷和请停斋醮疏》中说：“近日刘瑾建玄明宫，钱宁建石经山祠，张雄建大慧寺，张锐建寿昌寺，于经建碧云寺，张永建隆恩宫，所费金银不可胜计。”
古庙山门，系明代建筑。宗春启 摄
在石景山建碧霞元君祠的钱宁，是武宗朱厚照的义子，赐姓朱，因而又叫朱宁。《明武宗实录》中说：“石径山寺，朱宁所营建也，穷极壮丽，乃邀上幸焉。”钱宁能把皇帝请来参观游览他建的寺庙，足见此人能量之大。钱宁能左右开弓射箭，深为明武宗喜爱，委任他为锦衣卫千户，主管诏狱。他与掌东厂侦缉事务的太监张锐合称为“厂卫”，在朝中说一不二。朱厚照在豹房常枕着钱宁睡觉。
百官等着上朝，到下午太阳西偏还不见朱厚照的影子，只好暗中刺探钱宁，钱宁一来，则知道朱厚照要出来了。正德十六年（1521年），钱宁勾结朱宸濠谋反事发，被朱厚照抄家下狱。世宗朱厚熜即位后，将他处以磔刑。关于他干的坏事，记载在《明史·佞幸传》中。嘉靖年间，明世宗崇道毁佛，金阁寺遭毁。万历末年，一些太监们集资，重修了金阁寺，翻建了玉皇殿（翻建后的玉皇殿改名为天主宫）。许用宾在碑文中说，重建之后的三间天主宫和配殿，“朱堞金扉，龙楹螭殿”，极其壮美。
