而在判定之前，首先要进行的第一步，是广泛、及时地收集所有与疫苗相关的不良反应信息。作为疫苗安全监管的重要环节，欧美各国都有一整套以疫苗不良事件报告系统为核心的监测机制。以美国VAERS系统为例，由FDA与CDC合作建立，任何一个普通的接种者、医疗结构、接种中心医生都可以在该系统上报告不良事件。2005年时，甚至有一位麻醉师自称向系统上报自己在接种疫苗后出现了“绿巨人”症状，他的皮肤变绿，肌肉膨胀，开始出现暴怒倾向，系统同样接收了他的上报。
根据美国CDC数据，对于所有类型疫苗接种而言，VAERS中不良反应报告的37％来自疫苗制造商、36％来自医疗保健提供者，直接来自疫苗接种者或其监护人的只有7％。
在英国，这套系统叫“黄卡”（yellow card），也同时对公众和医疗机构开放。运营“黄卡”的英国药监机构也强调：“无论如何，有些事件可能已经发生，尤其是数百万人都接种了疫苗之后，而且大多数疫苗都接种给年龄最大的人和有潜在基础疾病的人。”此外，德国还开发了一款名为SafeVac 2.0 的手机App作为不良反应事件报告系统的补充。有了这个应用程序，系统在疑似不良反应之外，还可以获得对疫苗接种耐受良好的接种者百分比，更便于对可能的不良反应进行定量评估。参与人数越多，对应的数据就越有意义。
正是通过这种“广撒网”的方式，FDA发现了与mRNA疫苗有关的罕见心肌炎和腺病毒疫苗带来的罕见血栓问题。其判定依据主要是和未接种疫苗的人群相比，相关不良反应的发生率有明显增加。
截至2021年4月4日，根据欧洲药物警戒数据库收集的不良反应信息显示，在欧洲经济区和英国，接种了第一剂阿斯利康疫苗的3400万人群中，共发生了169例伴随血小板下降的血栓和53例内脏静脉血栓病例，总体发病率约为6.5例/10万。据美国VAERS的报告，18~49岁女性在接种了强生腺病毒疫苗后，其伴随血小板下降的血栓发生率为7例/10万，在未接种任何疫苗的一般人群中，脑静脉血栓的年发病率只有0.22~1.57例/10万。同期， 9700万剂辉瑞/BioNTech疫苗接种后没有发现这类病例，超过8400万剂Moderna疫苗接种后只有3例出现严重的脑静脉窦血栓且均无血小板下降。
与之相对，VAERS系统还报告了多例接种辉瑞/BioNTech疫苗后的贝尔麻痹事件，但FDA 经审查后得出结论，“观察到的报告贝尔麻痹的频率与一般人群的预期背景发生率一致”，因此，至今尚无证据表明新冠疫苗与贝尔麻痹之间存在相关性。这些案例表明，只有基于尽可能多的案例，才会得出更精准的对比数据。尤其在陆蒙吉看来，这对于极少数严重不良反应的判定极其关键，也影响着老年人等“脆弱群体”的接种策略选择。
中国也有自己的上报系统。自2005年以来，在世界卫生组织（WHO）的支持下，中国逐渐建立了“疑似预防接种异常反应”（AEFI）监测系统。但与欧美等国不同，中国的系统不对普通公众开放，上报限于医疗机构、疾控中心、接种点或药企，采取属地化管理，从县一级卫生机构向上层层汇报。这意味着，只有基层医生或疾控人员认为“有必要”上报的不良反应才会上报，但从总体上报率来看，中国远远低于欧美。而且，疫苗不良反应事件的数据集中在各级疾控中心，公众难以获取。
2021年5月28日，中国疾病预防控制中心首次发布了我国新冠疫苗接种不良反应监测数据。数据显示，2020年12月15日至2021年4月30日，共收到不良反应报告31434例，总发生率为11. 86/10万剂次，其中严重异常反应发生率为0.07/10万剂次。
与之相比，2020 年 12 月 27 日至 2022 年 3 月 31 日，德国的不良反应报告率为170/10万剂，严重不良事件报告率为20/10万剂次。截至2022年3月31日，以同样是灭活疫苗的科兴为例，香港卫生署收到的不良事件报告率为49.1/10万剂次。
此外，欧美等国都会定期对收集上来的疫苗不良反应数据进行公开，德国最频繁时，每个月都会公开，香港的新冠疫苗安全检查报告每两月公示一次。而内地的数据只在去年5月公布过一次，而且对严重不良反应具体都有哪些症状，没有详细说明。中疾控在随后官方解读中写道：“个别也报告了严重过敏反应等不良事件，经评估认为部分严重过敏反应可能与疫苗相关，其他事件还在持续监测研究中，目前评估认为严重异常反应发生率极低。”
