还有了雌性忍者龟在特摄电视剧中登场
但就在这节骨眼上，四只小乌龟再次走运了一把。此时系列的电视动画改编权来到了福克斯广播公司手上，一套完全重启的全新剧集应运而生，被称为03版。
这版动画的前几季同样被引入了国内，经由中央电视台六频道播放。作为电影频道的中央六套很少播放动画持续播放动画剧集，但“第6频道”恰好是原作中忍者神龟们最爱看的新闻频道，因而这次引进与播出被认为是对于当年神龟热潮的一次致敬，也让一些年轻的新观众具体认识了这些角色。
相较于87版，新版剧集中四只忍者龟的性格差异变得更加鲜明，一些人气配角例如主持人艾普丽尔、城市义警凯西·琼斯都有了更多戏份和更丰满的性格，就连反派施莱德也从脸谱化的恶棍转向了“走上追寻暴力的歧途但内心深处依旧存有武士精神”的复杂形象。
87版和03版艾普丽尔的造型和人设都有不小的区别
此外故事的发展也有了更清晰的主线脉络，世界观设定变得更加统一、更有“赛博味”；片中还有时不时变换镜头画幅的表现方式，令人耳目一新。
这些改进都帮助忍者神龟迎合了新的时代特点，03版动画称不上让忍者神龟起死回生，但无疑为之打上了一针强心剂。科乐美也在时隔多年后，再次以03版动画为基础开发忍者神龟系列的新游戏，主机平台上的3D俯视角清版，还有GBA上招式繁多的横版闯关作品便是这一时期的产物。
GBA上的《忍者神龟2》里忍者龟的特性也更加多样，例如米开朗基罗可以利用双节棍如竹蜻蜓般缓降，多纳泰罗则可以借助长棍撑杆跳
这一波神龟热潮尽管大不如前，但足以证明这一品牌经得起时间考验，到2007年时，还有忍者神龟的CG电影在全球上映，育碧为之制作了配套游戏。
在03版动画完结之后，《忍者神龟》的电视动画转由尼克有线电视频道接手，在2012年制作成了面向儿童的全新CG动画剧集，再度开始了漫长的连载……而这些对于国内的大部分忍者神龟粉丝而言就是相当遥远的事了。
艾普丽尔的形象也又变了个样
等到2014年时，由《变形金刚》真人电影的导演迈克尔贝担任制片的《忍者神龟》上映，由于此前《变形金刚》系列在中国地区的良好反响以及《忍者神龟》的潜在受众，这部影片在中国的票房同样饱受期待。然而相比于《变形金刚4》在同一年拿下了中国影史票房冠军，《忍者神龟》不到4亿的票房只能说是勉勉强强。
拟真风格的忍者神龟也不是所有人都能接受
说到底，国内受众对于忍者神龟的情怀终究是凝聚在当年的87版动画以及FC游戏之上，这也就是为什么时隔多年之后，当全新游戏《忍者神龟：施莱德的复仇》一经公开，就在国内游戏玩家间获得了很高的关注度，远超同系列的任何新作。
