骨髓增生异常综合征（MDS）的症状一般非常隐秘，有将近一半的患者无明显的临床症状，或有一些与血液病无关的症状，而另一半的患者症状则取决于患者贫血，血小板与白细胞减少的严重程度以及进展情况，而常见症状有以下几种：
1、 贫血：多数的骨髓增生异常综合征患者都是以贫血起病，且贫血症状可能会持续数月甚至数年。
2、 出血：约有2成到6成的患者会在病程中有出血倾向，但出血程度轻重不一，多数出血患者出血较轻，表现为皮肤上的瘀点或瘀斑，鼻出血或牙龈出血等，但也有极少数患者出血症状较重，可能出现消化道出血甚至脑出血。这种出血可能与血小板减少有关，也可能与血小板的功能缺陷有关，也有可能与两者皆有关。
3、 发热：大约有一半患者在病程中会出现发热症状，而这往往与感染有关，大多数都是低中度发烧，少数会发高烧，感染主要是呼吸道感染，其他感染较少。
4、 淋巴结肿大：约有三分之一的患者会出现淋巴结肿大的症状，一般症状都较轻，触摸起来也不会疼痛。
5、 其他症状：像一些头晕，乏力，虚弱等症状，大概八成患者会出现，也有部分患者可能会出现恶心，上腹部不适，体重减轻，关节疼痛等症状。
