《道德经》被篡改。今天，我们看到的《道德经》五千言篇章次序，是《道经》在前，《德经》在后。1973年湖南长沙马王堆汉墓出土的甲、乙两个版本的帛书《老子》，篇章次序却是《德经》在前，而《道经》在后；1972年，山东银雀山汉墓出土的竹简，也是在《德经》前，《道经》在后；在敦煌藏经洞中发现的《老子德道经》写本，也以《德经》为上卷，《道经》为下卷，不分章。长沙马王堆帛书《老子》道篇第一章“道可道也，非恒道也；名可名也，非恒名也”，与现在通行本中“道可道，非常道；名可名，非常名”不同。这或许是因为要避西汉汉景帝刘恒名讳的缘故而做的修改。
造纸术的发明。众多的史书记载，东汉时期的宦官蔡伦发明了造纸术。历代学者都引以为据，无可置疑。但是考古学家从甘肃天水放马滩、敦煌马圈湾、敦煌悬泉置遗址、敦煌玉门关，内蒙古额济纳河流域的居延金关，新疆罗布淖尔，陕西西安的灞桥、扶风县的中颜村，广州南越王墓，四川绵阳等地都发现了西汉纸。其中年代最早的是甘肃天水放马滩五号墓出土的纸图残片。这些考古发现，不仅证明西汉初期就已经有纸出现，而且证明这些纸已用于绘画或书写。所以，经过考古证实，中国的造纸术并非蔡伦发明。
上官婉儿之谜。传统的史料中记载，上官婉儿因勾结韦皇后乱政，导致被杀。《新唐书》、《旧唐书》都记载上官婉儿和韦后关系密切，是武三思和韦后集团的成员，所以唐玄宗李隆基才在政变中除掉她。然而，2013年9月，考古人员在咸阳机场附近发现了上官婉儿墓，上官婉儿墓志铭中所记载的内容与传统史料中她勾结韦皇后乱政的形象迥然不同。
根据墓志铭记载，上官婉儿和韦后的关系并不是很好。当年安乐公主仗着韦后的宠爱索要"皇太女”的身份，想做第二个武则天，结果遭到了上官婉儿以上书、自杀、退为婕妤等方式来反对。可见，上官婉儿并不是韦后的党羽。墓志铭中还透露出一个信息，上官婉儿曾是唐高宗李治的才人，这在传统史料中没有任何记载。
孔末之乱。史料中记载的孔末之乱，讲的是五代十国时期，发生在山东曲阜孔府的一件谋杀事件。因此事，孔子家族的大宗支险些断绝，逃过劫难的孔仁玉则在日后中兴了孔氏家族。然而，考古学家通过对孔仁玉墓葬的抢救性发掘后，发现了记载孔仁玉生平事迹的鲁国郡孔府君墓志铭。通过对墓志铭进行解读，考古人员这才发现，原来孔府世代相传的所谓孔子世家大宗在五代十国时期险遭灭门，独留孤儿孔仁玉并在成年后中兴孔府的故事纯属虚构，有关孔子本人及孔府的地位，完全是后人为了需要慢慢拔高的。
南明鲁王朱以海之死。根据《清史稿》记载： “鲁王久居金门，郑成功礼待颇恭。既而懈，以海不能平，将往南澳，成功使人沉之海中” 按照《清史稿》的说法，南明鲁王朱以海是被郑成功扔下海淹死的。1959年，金门岛上修工事时发现了朱以海的墓，从墓志铭的记载看，鲁王朱以海因患有哮喘病，病发不治于公元1662年去世，此时的郑成功已去世半年之久。因此，《清史稿》的记载纯粹是嫁祸污蔑郑成功。
光绪皇帝之死。在《清德宗实录》和《清史稿》等一些史籍中都有提到光绪帝从小就体弱多病，人到中年后体质更是每况愈下，至光绪三十四年病入膏肓，最后驾崩。2003年，中央电视台计划筹拍一部关于“光绪死因”的纪录片，研究人员运用医学手段，对光绪帝遗体的头发、遗骨、衣服及墓内外环境样品，多次进行的检测分析。最终发现，光绪皇帝的衣领及头发上均沾染高浓度的三氧化二砷（即砒霜），而其腐败尸体仅沾染在部分衣物和头发上的砒霜总量就已高达约201.5毫克。而医学研究表明，一般人服用砒霜60至200毫克就会身亡，光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。2008年11月3日，国家清史编纂委员会在北京举行光绪死因研究报告会，正式宣布其死于急性砒霜中毒。
