考古人员还在古城北2公里处发现了墓地，墓葬为带墓道竖穴土坑墓，整体呈“甲”字形，均已被盗掘。每座墓室内埋葬数人或数十人，人骨散乱，推测其葬俗为丛葬，出土了铜镜残片、马蹄形木梳、木盘、角弓、箭杆、织锦等遗物。
楼兰、鄯善都城的争论
自斯文·赫定发现楼兰古城以来，楼兰的发现、考察与研究，一直是国内外考古、历史、地理等诸多学科学者们的热点，特别是楼兰、鄯善都城的问题一直都是学界争论的焦点。
楼兰作为西域三十六国之一，最早见于汉文文献《史记·匈奴列传》。在公元前176年冒顿单于写给汉文帝刘恒的信中曰：“今以小吏之败约故，罚右贤王，使之西求月氏击之。以天之福，吏卒良，马强力，以夷灭月氏，尽斩杀降下之。定楼兰、乌孙、呼揭及其旁二十六国，皆以为匈奴。诸引弓之民，并为一家。”
根据张骞公元前138至公元前126年出使西域实地见闻成书的《史记·大宛列传》记载：“楼兰、姑师邑有城郭，临盐泽”。由于“楼兰最在东垂，近汉，当白龙堆”，地处丝路北道要冲。而汉武帝听张骞之言后，“甘心欲通大宛诸国”，而经过北道的使者，“一岁中多至十余辈”。楼兰、姑师当道，本国亦缺乏水草，还需要承担“负水担粮，送迎汉使”的任务，疲惫不堪，感到非常苦闷；同时又被匈奴反间，多次袭杀汉朝和西域诸国使者。出使过西域诸国的使臣向汉武帝上奏，说楼兰国有城邑，兵弱易击。公元前108年赵破奴与轻骑七百人至楼兰，俘虏了楼兰王。
《汉书·西域传》记载：“鄯善国，本名楼兰，王治扜泥城，去阳关千六百里，去长安六千一百里。户千五百七十，口万四千一百，胜兵二千九百十二人。辅国侯、却胡侯、鄯善都尉、击车师都尉、左右且渠、击车师君各一人，译长二人。西北去都护治所千七百八十五里，至山国千三百六十五里，西北至车师千八百九十里。地沙卤，少田，寄田仰谷旁国。国出玉，多葭苇、柽柳、胡桐、白草。民随率牧逐水草，有驴马，多橐驼。能作兵，与婼羌同。”
然而，自魏晋以后，楼兰不见正史，消失在历史的视线中。
20世纪初，国外一些人士依据楼兰出土简牍文书的研究成果，认为楼兰、鄯善国都扜泥城在米兰遗址，不存在迁都的问题。德国学者将扜泥城定在若羌，日本学者认为楼兰国都即佉卢文书中的Kroraina，楼兰古城也即鄯善国都扜泥城，楼兰更名鄯善时并不曾迁都。还有人认为从西汉到4世纪末鄯善国都一直在扜泥城，扜泥城肯定就是楼兰古城。
国内一些学者认为元凤四年以前国名为楼兰，都城为罗布淖尔西北的楼兰古城，元凤四年以后国名为鄯善，都城为今若羌县。有人认为楼兰古城即楼兰国都，但认为更名鄯善后即南迁，楼兰古城成为汉代的屯垦戍守重地。还有人认为扜泥城是楼兰改国名为鄯善后的都城，位置位于今若羌。更有专家学者认为，元凤四年楼兰更名鄯善，都城从楼兰城迁到扜泥城，扜泥城为且尔乞都克古城。
楼兰鄯善都城到底在哪里
在汉通西域前，“楼兰、姑师邑有城郭”“楼兰、姑师小国尔，当孔道……皆有城邑”“汉使多言其国有城邑”。对此，学术界已有共识：西域土著诸国建立的城池应为圆形。
从形制来看，咸水泉古城呈圆形，应为张骞凿空之行前，没有受到中原文化的影响，由西域土著居民修建的城郭。古城内的建筑虽已被风蚀殆尽，但城墙修筑方式显示了它的原始性。它的建筑方式与塔里木盆地已发现的最古老城址——圆沙古城较为相似。
根据墙体复原，咸水泉古城直径300米，是楼兰地区及整个塔里木盆地绿洲现存最大的一座圆形古城，符合西域诸国时期都城的形制及规模。
咸水泉古城北有汉晋时期墓葬分布，沿台地边缘向东，可以和咸水泉墓葬群、楼兰墓葬群连接成片。墓葬内遗物多被盗掘不存，但发掘的1号墓地两座墓葬中仍出土织锦残片，显示墓葬形制规格较高，非一般平民所能拥有。出土器物多角弓、羊头等，显示出西域诸国时期“引弓之民”的特征。
考古人员选择不同地点的有机质标本做碳十四测定。结果表明，古城墙体年代集中在东汉后期至魏晋前期。“由于风蚀，咸水泉古城使用期间，数年或数十年墙体就需要加固，顶部红柳枝需要更换，所以现存城墙可能为楼兰城最后使用年代，并不是古城最早营建年代。墓葬则集中在东汉前期，略早于墙体，这也间接证明墙体测年数据非古城最早使用年代。”胡兴军介绍。
