1987年编著的《楼兰考古调查与发掘报告》虽然未能如期顺利出版，但是侯灿先生没有就此懈怠，停滞不前。他深知新疆考古的重要性，更晓得楼兰考古之于新中国考古事业的重要意义。此后的若干年，他依旧钟情于楼兰。1999年11月，侯灿费尽心血主编的《楼兰汉文简纸文书集成》出版。皇皇40万字、图文并茂的三巨帙，梳理了一个世纪以来斯文·赫定、斯坦因、橘瑞超和侯灿一行在楼兰遗址挖获的汉文简纸文书。几百枚木简纸文书，跃然其上的，是当时政治、军事、经济、屯垦、文化、交通和社会生活等方方面面。
上世纪90年代末还在新疆师范大学读书的张莉至今仍清晰地记得，那几年她一直跟随在侯灿先生身边，协助他翻译和整理斯文·赫定、斯坦因、贝格曼等人论著里的重要章节、图片题名和相关注释。“尽可能多地占有研究资料，是先生学术研究路径的一个特点。”张莉说，由于楼兰研究牵涉的国家和学者特别多，侯灿先生多方拜托国际国内学术友人查找、复印相关资料，又托请学术友人和学生翻译，孜孜以求，最后才占有了较为全面的研究资料，为楼兰研究奠定了扎实的基础。
1996年至2004年，侯灿先生又发表了《艾尔迪克发现古楼兰城辨误》《楼兰三说正谬》《楼兰的发现与其正名》《庞贝何能比楼兰》《楼兰发现及其纠葛——楼兰发现百年祭》《楼兰出土张济逞文书与李柏文书再探》等系列研究论文多篇。
“其实，在1999年前后，侯灿先生一直在考虑撰写有关楼兰的研究专著，却因各种原因终未完成。这也成为他去世前最为遗憾的事情。”已经是陕西师范大学教授的张莉，最近在整理侯灿先生遗留学术资料时，发现一个文件袋里整整齐齐地装着“《楼兰的发现》编写提纲”和“《楼兰研究与探查》写作提纲”。“两份有着内在关联的写作计划，既能体现侯灿先生有关楼兰研究的学术脉络，又能体现他的治学精神——悠悠赤子心，楼兰未了情。”
圆梦楼兰
2016年春天，孟宪实接到侯灿先生的一通电话，先生询问《西域历史与考古研究》一书的出版事宜。电话那头，先生语气平缓却隐藏着极度焦虑；听筒这边，孟宪实虽然对专著的出版没有确切把握，但仍尽力给先生肯定的回答。孰料，这是他们最后一次通话。
“2016年10月，侯灿先生去世一个多月之后，吴美琳老师才打来电话告知。当时我手握电话，全然不知道说什么，好像连安慰的话都说不出来。”孟宪实的情绪被悔恨塞满，更令他遗憾的是，侯灿先生没能等到《西域历史与考古研究》的付梓。
在2019年10月出版的《西域历史与考古研究》一书里，读者读到了孟宪实写的一篇怀念侯灿先生的文章。侯灿先生的夫人吴美琳女士也正是看到这篇饱含深情的序言，给孟宪实去了一通电话。“吴老师的电话，让我兴奋了好几天。这才是世界该有的样子。”原来，《西域历史与考古研究》一书出版后，吴美琳看到书中孟宪实撰写的《怀念侯灿先生》一文，惊醒了。她搜遍全家的各个角落，终于在一个密封的牛皮纸口袋里找到了整整齐齐的《楼兰考古调查与发掘报告》原稿。“得知报告原稿还在，北京大学的朱玉麒教授比我还兴奋。2019年12月17日，风雨交加，我们俩乘车前往上海，从吴美琳老师手里郑重地接收了侯灿先生的遗稿《楼兰考古调查与发掘报告》。”
拿到书稿的孟宪实和朱玉麒惊讶地发现，他们拿到的手稿是吴美琳老师工工整整的手写稿，上面有侯灿先生的加改，时间定格在1987年3月。“很显然，我们拿到的稿子是从出版社退回后的修改稿，里面多是汉文，也有英文，还加注了斯坦因等人的篇目。”孟宪实无法想象，一边是出版无望，一边还不断地修改，侯灿先生当时怀着怎样的思绪啊。
2022年春天的一个午后，和煦的阳光照耀着北京大学静园二院里外的桃红柳绿，王守春、荣新江、孟宪实、朱玉麒、沈睿文和张莉等几十位北京大学、中国社会科学院、中国人民大学的专家学者，欢聚一堂，线上线下共祝《楼兰考古调查与发掘报告》在36年后的春天出版了。
在孟宪实看来，这似乎是一个轮回之后的命中注定，具有双重的里程碑意义。“一方面，《楼兰考古调查和发掘报告》由侯灿先生晚年执教的新疆师范大学资助出版；另一方面，1930年代两次深入罗布泊地区的黄文弼先生，是出现在这一荒漠中从事考古工作的第一位中国学者。如今《楼兰考古调查与发掘报告》的出版，正是中国学者沿着黄文弼的罗布泊之路而进入楼兰遗址核心区考古的又一个新的里程碑。”
