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1995年，朱伟接手主编《三联生活周刊》，邀请王小波给《三联》写杂文，开了个《晚生闲谈》的专栏。
那段时间，王小波重要的思想随笔都发在《三联》，他辛辣而带有趣味的批评风格，培养了一批口味独特的思想读者。
90年代大陆各种思潮盛行，迷信超神波，迷信气功。王小波回忆起早年"打鸡血"的事，觉得国人这些年一点也没进化。
他写文章批判国人的劣根，也批判他们的健忘，说："热起来人人都在搞，过后大家都把它忘掉。最后只剩下我一个人记着这些事情，感觉很是寂寞。"
1996年下半年开始，王小波越来越疲惫，他在《红拂夜奔》序言里写："我认为有趣像一个历史阶段，正在被超越。"
1997年春节前他写信给朱伟，称自己近来日益困惑，专栏是不是应该停了。朱伟听了一惊，他想起王小波之前讲过的一句话：
一个人感到了思想的贫瘠，这个人就要死了。
1997年《三联》第一期，原来的《晚生闲谈》由《声音》取代。在那之前，王小波给朱伟发了一篇长稿，《茫茫黑夜漫游》，希望他分几次刊发。在文中他引用了塞利纳同名小说的诗句：
"我们生活在漫漫寒夜，人生好似长途旅行，仰望天空寻找方向，天际却无引路的明星。"
朱伟知道，王小波的精神已经开始离人们远去。
1996年下，李银河去剑桥做访问学者，王小波本想一同前去，可为了照顾母亲，他选择留在北京。
王小波送李银河去机场，两人在机场道别，公众场合不敢有什么亲密举动，王小波只是用力搂了下李银河的肩膀，然后转身走了。
1997年4月10日夜里，邻居们听到王小波声嘶力竭的惨叫。第二天下午三点多，他们还没见到王小波出门，跑上楼去查看。
推开门的一瞬，只见王小波头顶着墙壁倒地而死，身体弓着，额头有疤痕，墙上还有牙齿刮过的痕迹。弟弟王晨光赶到现场，说："他是挣扎了一段时间再痛苦离世的。"
去世之前，王小波一直在拼命写作，几乎整天坐在电脑前，去世现场桌子上，还放着未完成的《黑铁时代》。
李银河在英国接到同事电话，对方说家里出了点事，让她赶紧回家。
李银河还没赶到机场，朋友就告诉她："王小波是个诗人，走得也特别诗意。"李银河一下子就虚脱了。
李银河没有赶回，王小波的葬礼由朋友和《时代三部曲》的编辑操持。那时《时代三部曲》还没印刷出来，朋友们把三本书的彩色封面打印了出来，铺在身上随他火化。
葬礼举行现场，来了很多朋友吊唁，有剧作家，有程序员，还有曾经得到过小波帮助的同性恋者，但是没有一位作家。
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王小波去世后几天，张晓舟得知消息，写了个豆腐块《著名作家王小波逝世》发表。编辑问："他真的著名吗？"
这份报纸，是国内媒体第一次报道王小波去世的消息。
去世前九天，赵静见了王小波一次，他给她看刚办下来不久的货车驾驶执照："实在混不下去了，我就干这个。"
王小波提起一只暖水瓶，把李静送到门口，说："再见，我去打水。"
王小波逝世后，李静撰文回忆：
"我看见他走路的脚步很慢，衣服很旧，暖瓶很破。那是王小波君留给一个热爱智慧和有趣的年轻人的最后的背影，一个寥落、孤独而伤感的背影。"
1997年后，王小波的名气一下子大了起来，他的全集，选集一版再版，成了年轻人的"精神教父"。
刘瑜说："他代表的精神中国很缺乏。他那种举重若轻的叙事方式影响了整整一代人。"
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王小波去世之后，李银河亲自为他选了墓地，时常写文章悼念他。她重新读起让两人结缘的《绿毛水怪》，看到妖妖等不到陈辉跳海而死之时，哭得泣不成声。
2004年，王小波给李银河的书信结集出版，名叫《爱你就像爱生命》，李银河在序言里写：
"小波离去已经七年了，七年间，树叶绿了七次，又黄了七次。花儿开了七次，又落了七次。我的生命就在这花开落之间匆匆过去。而他的花已永不再开，永远地枯萎了。"
