东晋政权禅让给刘宋后，南朝历代皇帝掌握的都是“南朝传国玺”，中间也多次发生因战乱而易手。南朝梁武帝时期，发生了侯景之乱，侯景死后，他的手下带着玉玺逃走，此玺后被北齐将领辛术获得，玉玺又回到了北朝的北齐。这方玉玺最有可能是“后秦传国玺”。
南朝陈霸先废梁立陈,定都建康。栖霞寺一个和尚向陈霸先献出一块传国玺，声称是侯景部下侯子鉴把玺扔到了井里，自己捞出来的。据记载这方玉玺是一直在南朝传承的“南朝传国玺”。
北魏太武帝被崔浩影响，崇信道教，下令全国灭佛。于是全国各地到处拆庙毁佛像。在拆邺城的一座庙时，从一座佛像里面发现两方传国玺。此玉玺来源不明。这个崔浩便是“传国玉玺是由和氏璧制作而成”这种说法的始作俑者。我们将这次发现的玉玺称为“北魏传国玺”。
北魏分裂后，北魏孝武帝将“北魏传国玺”带到了关中的长安，后来归北周所有；北齐拥有“后秦传国玺”；南朝陈留有“南朝传国玺”。此时三国各自拥有一方“传国玺”，都声称自己的“传国玺”是真的。
北周宇文邕灭了北齐后，获得了“后秦传国玺”。杨坚篡北周后，“后秦传国玺”和“北魏传国玺”归了隋朝。南朝陈叔宝被杨坚灭了后，“南朝传国玺”也被隋朝获得。至此三方传国玺都被隋朝收入囊中。隋文帝称帝第二年，把“传国玺”改称为“受命玺”。
隋朝末年，隋炀帝杨广被宇文化及杀死于扬州，之后宇文化及又被窦建德杀死。窦建德被李世民打败后，他的部将向李世民进献了一方传国玺。
隋朝灭亡以后，隋炀帝的萧皇后携隋炀帝孙子杨政道及一方传国玺遁入漠北突厥。直到贞观四年，唐大将李靖率军讨伐突厥，同年，萧皇后与隋炀帝孙子杨政道背突厥而返归中原，当初带走的一方传国玺也回归于大唐。至此，隋统一天下时所获得的三方传国玺中的两方已经为李世民所拥有，另外一方传国玺下落不明。
唐贞观十六年，唐太宗李世民下令制作了一方“受命玺”，印文为“皇帝景命，有德者昌”，唐玄宗时改名为“承天大宝”。朱温灭唐时，得到所谓的传国玺便是这一方；后唐末帝李从珂携带自焚的也是这方玉玺。至于唐太宗李世民获得的那两方隋朝的“传国玺”，则是在唐太宗之后即晦暗不明，有可能遗失于唐代中世或末叶的几次大乱之中。
后晋、后周都是自己刻制的受命宝，后晋刻的印文是“受天明命，惟德允昌”和“皇帝神宝”；后周刻的印文是“皇帝承天，受命之宝”和“皇帝神宝”。
北宋初年继承了北周的“皇帝神宝”和“皇帝承天，受命之宝”。 北宋的皇帝也都是自己刻玉玺，宋太宗制作了“承天受命之宝”，宋仁宗制作了“镇国神宝”，除此之外并未制作其他玉玺。有一个例外就是，北宋每一位皇帝即位时都要制作一方“恭膺天命之宝”玉玺，这方玉玺会在皇帝死后作为陪葬品进入陵墓，不传世。元丰年间，宋神宗才依据古制，用白玉制作了天子、皇帝六玺。
北宋时期，也有人自称捡到传国玺献给朝廷的。宋哲宗在位时，关中咸阳有个叫段义的人晋献了一方玉玺，印文为“受命于天，既寿永昌”，经蔡京等十三人鉴定，认为是“秦传国玺”。这方玉玺后被鉴定为赝品。
