一直到西汉末年，按照《汉书·元后传》记载，当时太子刘婴年幼，玉玺由孝元皇太后王政君保管在长乐宫。这王政君是王莽的亲姑姑。后来王莽篡汉，建立新朝，派人来索要玉玺，王政君很生气，“忘恩负义猪狗不如白眼狼”这样骂了一通，将传国玉玺砸到地上，导致玉玺上的螭碎了一角。王莽命令工匠用黄金把它补好了，所以这个汉传国玺变成了金镶玉的。
现在很多影视剧中的玉玺道具，是在玉玺底座的一角镶金，实际上当时磕破的只是上面印纽上的一条龙的尾巴。
后来西汉灭亡、东汉建立，玉玺也辗转了好几手，直到东汉末年爆发了十常侍之乱，董卓带兵到都城洛阳平乱并废汉少帝改立汉献帝把持朝政，然后十八路诸侯又来讨伐董卓，董卓兵败，带着小皇帝仓皇出逃，玉玺就在这时候失踪了。
孙坚攻进洛阳之后天已经黑了，他就看到城中一口井里冒亮光。孙坚派人去打捞，捞上来一个死去的宫女，这宫女脖子上挂着一个小袋子，袋子里有个小盒子，盒子里面正是传国玉玺，也就是那块汉传国玺。
孙坚见玺起意，做起了皇帝梦，偷摸把玉玺交给老婆吴氏保管。但是孙坚的上司军阀袁术听说了，就把玉玺抢走了。
袁术死了以后，他的手下带着玉玺投奔曹操，当时曹操“挟天子以令诸侯”，四舍五入约等于玉玺又回到了汉朝皇室手里。公元220年，汉献帝被迫禅位给曹操的儿子曹丕，并献上玉玺。曹丕建魏后，让人在玉玺上刻了几个大字“大魏受汉传国玺”，用来证明这玉玺他不是抢来的，是汉献帝主动给的。
公元265年，司马炎建立晋朝，玉玺被司马家族掌握。公元311，前赵皇帝刘聪俘虏了晋怀帝司马炽，同时拿到了玉玺。
公元330年，石勒灭前赵而建立后赵，玉玺到了石勒手里。这石勒貌似也是打卡爱好者，就像现在到处写“某某到此一游”似的，在玉玺上又加刻了四个大字——“天命石氏”。
这段时期经历了频繁的朝代更迭，玉玺也跟着四处流转，直到隋朝统一，玉玺才暂停奔波，来到隋朝皇宫。不过这次也只是短暂的停留，很快隋朝就灭亡了，隋炀帝杨广被权臣宇文化及弑杀，他的妻子萧皇后带着孙子杨政道和传国玉玺逃往漠北，玉玺到了突厥人手中。
公元630年，唐太宗李世民派李靖讨伐突厥，萧皇后又带着孙子和玉玺投降大唐，至此李世民终于拥有了梦寐以求的传国玉玺，默默地把自己之前刻的几个“受命宝”、“定命宝”等替代品收拾起来（唐朝习惯把“玺”称为“宝”）。
唐末乱世，玉玺又开始了颠沛流离的生活，最终后唐末帝李从珂带着玉玺以及一大家子在玄武楼点火自尽，玉玺消失在火海之中。
这里要说一下，玉的熔点大概在1700℃左右，古代烧制瓷器的窑都达不到这个温度，更何况露天的火场了。不过虽然玉的熔点比较高，但在高温下长时间烧灼还是会破坏玉的内部结构，使其裂隙增多。所以当时玉玺可能是被烧裂了，或者是表面被熏黑了，后来清理火场的时候人们只当那是一块石头，忽略掉了。
除了秦始皇的两枚玉玺之外，市面上还有很多高仿玉玺。曹魏代汉之后制作了一枚，刻的是“受天之命，皇帝寿昌”。这枚玉玺被称作“魏玺”。
另外还有前燕慕容儁制作的“燕玺”以及后秦姚苌制作的“姚玺”，这两枚玉玺刻的字都与秦始皇最早的那枚传国玉玺一样，但是字体有区别，所以后来都被鉴定为赝品。
五代十国时期诞生的传国玉玺更是层出不穷。
后晋天福三年，高祖石敬瑭命人制作了一枚玉玺，刻的是“受天明命，惟德允昌”八个字。
后周广顺三年，后周太祖郭威命人制作了两枚玉玺，其中一枚刻的是“皇帝承天受命之宝”，另一枚则刻了“皇帝神宝”。
宋太祖赵匡胤取代了后周，建立北宋，命人制作了“大宋受命之宝”。宋太宗赵光义继位后，又让人制作了“承天受命之宝”。宋仁宗在庆历八年命人制作了“皇帝钦崇国祀之宝”。
不过这些玉玺的意义可比秦始皇做的传国玉玺差远了，历代帝王还是想找到正统的那枚传国玉玺。
