吴三桂造反失败后，康熙想将他全家上百口满门抄斩
“大周昭武帝”吴三桂管辖的国土只有云、贵两省和湘、川、广西之一部分州县。和起兵的第一年比声势日衰，很多所占地盘都被清军收复了。
这年八月，早已病入膏肓的吴三桂在忧急中死于衡州，从登基称帝到一病而亡，仅五个月时间。
吴三桂死后，由其孙吴世蹯继位，他率残部继续负隅顽抗。康熙二十年（1681）正月，清军击溃吴军，收复贵州全境。十月，蔡毓荣率军攻克吴军老巢昆明，吴世蹯身着龙袍服毒自尽，清军将领将其首级传往京师报喜。清军将吴三桂满门上百口男女老幼尽数诛灭，并将吴三桂的坟墓掘开，开棺戮尸。一代枭雄吴三桂最后落得个满门被抄斩，自己粉身碎骨，死无葬身之地的可悲下场。
吴三桂有两子，一为吴应熊，一为吴应麒。吴应熊在京为质，又被顺治招为女婿，“三藩之乱”爆发后被康熙处死。吴应麒则在老爹起兵后率马宝等悍将转战贵州、四川、广西等省。三桂败死后，应麒随继位的侄儿吴世蹯退守昆明。但《清史稿》、《东华录》等史籍中再也没有三桂次子吴应麒回昆明后的任何记载。
清军攻破昆明后，灭了三桂满门，按理说，吴氏一族从此绝了后。
据说，清军为了将吴氏一族斩尽杀绝，不仅在全城大肆搜捕，而且还通令全国，不使一人漏网。史料中对吴氏家族中稍有名气的人均有交代，最后无一例外都被清军处死，唯独只有吴应麒的名字没有出现在任何史籍中。吴应麒随吴世蹯退守昆明后便人间蒸发，彻彻底底的消失在历史烽燧深处，身为吴三桂之子，“三藩之乱”的重要将领，清军绝不会轻易放过他，那么，他是怎样成了唯一一条漏网之鱼逃出生天的 ？亦或是在清军破城前早就已经命丧九泉了？吴应麒的最终下落，也成了清前期重大悬案之一。
关于吴应麒的最终下落，有这样一则传闻：吴三桂死于衡州后，继位的吴世蹯退守昆明，其叔吴应麒随他一同前往。
吴氏家族心知大势已去，惟恐彻底失败后遭灭族之祸，为保留吴家血脉，于是让三桂仅存的儿子吴应麒化名潜出昆明城，逃到荒僻的山野间藏匿起来。和吴应麒一同逃亡的，还有其父吴三桂的爱妾陈圆圆。
吴应麒带着陈圆圆等人，辗转来到山高皇帝远的贵州东部岑巩县马家寨，并在那定居了下来。有趣的是，吴应麒的后代繁衍至今，已有两百余户一千多人了，而且全村姓吴，没有一个外姓。据说马家寨吴氏还有一条族规——共同守护家族的历史 ；其家族史只许口口相传，不得见诸文字，以免被朝廷发现，引来滔天巨祸。
2010年夏，在岑巩县马家寨发现了吴三桂后裔（疑似吴应麒？）的坟墓，同时还发现了陈圆圆墓，消息传出后，国家清史编纂委员会专家曾赴马家寨考察，以辨真伪。
清史专家考证后认为，吴应麒、陈圆圆墓是康熙年间古迹，应是真的。吴应麒应是马家寨吴氏族人的直系祖先，再往上的“始祖”就到吴三桂了，基本可以认定马家寨吴氏是吴三桂的后裔。
顺着这个线索可以推论：吴应麒随吴世蹯退守昆明后，见战局不利，就悄悄护送陈圆圆躲到偏僻的云贵两省交界处，后来清军攻入昆明，吴氏被灭门，应麒无法重回昆明，只好拖家带口来到山高路险的岑巩县马家寨隐居起来。为躲避杀身之祸，他改名“吴启华”。吴应麒有三子，老大吴世琮（已战死），老二吴世珺，老三吴世珵。他带着陈圆圆和二子（传说还有马宝，故该村取名马家寨）到此荒山野岭间搭建茅舍，开荒种地，顽强的生存了下来。
由此可见，清军攻破昆明前，吴应麒、陈圆圆等人已经金蝉脱壳，逃出生天，藏匿在贵州岑巩县大山里，吴氏一脉在此生息繁衍至今，侥幸没有灭绝，逃过了一场灭族惊天大劫......而《清史稿》等史料中详细记载了清军灭吴氏满门的过程，其中唯独没有吴应麒的名字 ，在此似乎也可以找到最终答案了。
