吴三桂造反失败后，康熙想将他全家上百口满门抄斩
虽然吴三桂并没有得到天下人的支持，但是三藩兵马都是身经百战的劲旅，因此在三藩之乱初期吴三桂带领军队确实打得清军节节败退。
但是进入康熙十七年（1678年）之后局势发生改变，康熙为了平定三藩之乱，调动了几乎全部可用的八旗军，一度都导致了京城防御空虚，终于在八旗军的强大攻势下，耿精忠和尚之信先后被打的投降，吴三桂虽然还在力挺，不过也已是强弩之末。
吴三桂已经明白自己很难再翻盘了，于是在这一年三月，吴三桂决定放弃之前的“反清复明”口号，自己也不要再挂着天下都招讨兵马大元帅的称号了，自己要称帝，过一把皇帝瘾。因此吴三桂在衡山设坛祭天，正式登基称帝，建都衡阳，国号大周。
吴三桂政权败亡之后，吴三桂后人的结局如何？
吴三桂称帝之后就需要立太子，但是吴三桂当时年长的儿子只有吴应熊和吴应麒两人，其余都是幼子，而长子吴应熊聘娶了皇太极之女建宁公主，此后吴应熊一直留在京城当额驸，吴三桂起兵反叛之后，康熙当即命人捕杀了吴应熊及其长子吴世霖。
吴三桂的次子吴应麒早年时被他过继给了哥哥吴三凤，按照礼法吴应麒已经不算吴三桂这一支宗脉的人了，而且吴应麒为人傲慢自大，与吴三桂的很多部将都不和。
因此吴三桂立不了长子吴应熊和长孙吴世霖当继承人，也立不了次子吴应麒，最终他只能选择了吴应熊次子吴世璠为皇太孙。
吴三桂在称帝五个多月之后，就患了中风加痢疾，吴三桂自知时日无多，他就开始着手安排后事。按照当时的局势，吴三桂政权的覆灭只是迟早的事情，吴三桂也很清楚地认识到了这一点，吴三桂最担心的就是反叛失败后，他的后人会遭到族灭。
于是吴三桂在病中恳求义子兼心腹大将马宝一定要保护吴氏家族后人的安全，同时又给镇守岳阳的次子吴应麒写了一封信，叮嘱吴应麒好好辅佐侄子吴世璠，并尽量保护吴世璠周全。
在交代完这些之后不久吴三桂就病重去世了。吴三桂的孙子吴世璠当时还在云南昆明，所以在吴三桂去世后，衡阳方面就推举吴三桂的心腹大将吴国贵主持事务，吴国贵主张秘不发丧，然后把吴世璠接到衡阳，放弃云南向北推进，继续开辟新的根据地。
但是辅助吴世璠留守昆明的是吴三桂的女婿郭壮图，他反对弃守云南，郭壮图的想法是想自己操控吴世璠，于是郭壮图把自己的女儿嫁给吴世璠，然后力劝吴世璠不可放弃昆明去衡阳，但是可以迁到贵阳，在贵阳登基称帝并迎接吴三桂遗体。之后吴世璠就听从了郭壮图的建议，在贵阳登基称帝，而吴三桂的遗体也被暂时安置到了贵阳。
康熙十八年（1679年）吴应麒在岳阳惨败，吴国贵在衡阳阵亡，湖南基本被朝廷收复，吴应麒和马宝只得率领残部护送吴三桂族人退守贵阳，而吴世璠则退守昆明。
不久之后康熙二十年（1681年），清朝绥远将军蔡毓荣率军围攻昆明，郭壮图率军与清军交战惨败，在昆明城破之际，郭壮图与吴世璠一同自尽，昆明所属吴军六千七百余人全部投降。
吴世璠自尽之后也标志着吴三桂政权彻底瓦解，收复昆明之后，康熙立刻下旨诛灭吴三桂九族，吴三桂在昆明的族人几乎被诛杀殆尽。
但是吴三桂的孙女色诱绥远将军蔡毓荣，最终成了蔡毓荣的小妾，通过蔡毓荣的关系，庇护了不少吴三桂的后人，不久之后蔡毓荣私纳吴三桂孙女为妾的事被人告发，康熙大怒，立刻下旨赐死了吴三桂的孙女，并将收复昆明有功的蔡毓荣罢官，全家发配黑龙江。
之后康熙下严旨继续搜捕被蔡毓荣庇护的吴三桂后人，因此一些吴三桂的后人被搜捕出来诛杀，不过还是有一些吴三桂的后人改名换姓跑到其他地方躲了起来，所以这些吴三桂的后人得以幸免，但是由于改名换姓的问题，不少吴三桂的后人也不知自己与吴三桂有关系了。
