1239年，成吉思汗的孙子阔端率军驻守凉州（今甘肃武威），派兵南进吐蕃。历经三百多年的乱世后，吐蕃各地僧俗势力犹如一盘散沙，蒙古军一路南下，直抵尼婆罗边界。
阔端明白，吐蕃教派林立，互不统属，这里需要一个统一的地方政府来下达政令，以实现和平安定。他从藏传佛教的诸多教派中选择了萨迦派，作为蒙古贵族在吐蕃的代理人。
1244年，阔端写信给“学富五明，声誉最隆”的萨迦派第四代祖师萨迦班智达，请他到凉州会晤，商议“乌思藏”（元明两代对今西藏地区的称谓，清朝改称为“卫藏”）地区归附蒙古的大事。
萨迦班智达接受阔端的邀约，带着年少的侄子八思巴与恰那多杰同行，来到凉州。
阔端见到这位萨迦派大师后，表明了建立政教合一统治的意图，说：“今我以世人之法为治，汝以佛法护持。如此则佛法宁不广被天下，迄于海涯乎！”
但是，随着阔端与萨迦班智达不久后相继离世，这一计划的实施落在了元朝建立者忽必烈与萨迦班智达的侄子八思巴肩上。
1252年，忽必烈接受其兄长蒙哥汗的命令，带兵攻打西南的大理。忽必烈大军抵达六盘山时，希望在南征中得到吐蕃的帮助，于是遣使召见萨迦班智达，却得到后者已经去世的消息。
年仅19岁的八思巴成为叔叔的继承者，担任萨迦派教主，他以“深通佛法‚请以应命”，到六盘山拜见忽必烈。
这是二人的初次会面。见面时，忽必烈首先问八思巴：“师之佛法，比叔如何？”
史载，为了试探八思巴，忽必烈用许多别人未能解答的疑难问题来刁难他，却被八思巴一一化解。
八思巴的名字，藏语意思为“圣者慧幢”，他是一个神童，据说3岁就能口诵多篇经文。
在此次会面中，忽必烈听着八思巴的回答，被他的博学、谦逊深深折服，认为其年少不凡，遂尊八思巴为上师。
忽必烈与八思巴的会面 | 纪录片截图
后来，忽必烈在汗位争夺中胜出，建立元朝，是为元世祖。八思巴也由忽必烈个人的导师，荣升为国师，并授以玉印，执掌总制院（后改称宣政院）。每次朝会，文武百官分列左右，只有帝师八思巴享有专席。
宣政院是专门管理全国佛教事务和西藏地区行政事务的机构，其设立象征着西藏地区正式成为中央政府直接管辖的地方行政区域。
八思巴从此往来于大都与故乡，协助元朝在“乌思藏”设置驿站、派驻军队、清查户口、征收税赋、任免官吏，僧俗并用，军民兼摄，为大一统做出许多贡献。
身为一代帝师，八思巴不忘利益众生的初心。
当忽必烈打算下令禁止修习萨迦派以外的教法时，八思巴予以制止，他说：“这样不仅有损陛下的国政和声威，对我们萨迦派亦无助益。”如此一来，既稳定了各教派的情绪，也对地区安定作出了贡献。
当元朝大军南下时，八思巴又向忽必烈提出建议，废除军队屠杀反抗者并填于河渠的规定。
