杨净 詹士 发自 凹非寺
量子位 | 公众号 QbitAI
Alphafold不能取代结构生物学家！
刚决定离美归国不久的颜宁，再度发声。
事实上自她宣布“归去来兮”后，喧嚣与争议都没停过。
这其中最匪夷所思的，就是关于回来原因的讨论——工作被AI替代了，所以在美国混不下去了。
于是在深圳“忙到现在”的颜宁，终于给出回应：
Alphafold仍停留在我们5年前水平，与AI团队合作迄今预测无一正确。
还罗列出了各种目前AI在结构生物学还无能为力的方面。
不少网友表示：不懂这行，但听到颜老师这么说，就放心了。
“Alphafold仍停留在我们5年前水平”
颜宁离美归国创办深圳医学科学院，是在11月1日官宣的，一时备受关注，圈内圈外不少人都表达了夸赞和期待。
但一些质疑声也随之而来。
个中话题，涉及其私人经历，人事变动，甚至论文引用规范……最为引人关注的，还是——这位科学家之所以回国，因其研究方向已被AI取代。
对此，颜宁的回应可以概括为三个方面。
其一，自己没被AI取代，还远着呢；其二，AlphaFold专注于折叠，但对结构生物学领域，有三大理解问题，AI无能为力；其三，作为科研工作者，当然乐于拥抱技术进步。
具体来说。
颜宁所专注的电压门控钠离子和钙离子通道有几个关键问题（electromechanical coupling, ion selection, MOA of drugs and toxins），AlphaFold在我们过去解析的诸多结构的基础上，于2021年预测结果达到了他们2017年的水平；
但一年过去，AlphaFold依旧停留在5年前（这里仅针对Nav/Cav）。
为证明这点，她还摆出自己2021年8月及今年11月的两次「AlphaFold局限性」主题报告PPT封面，称自己除日期外，内容一字也无需改。
此外，她还拿自己的亲身经历作为补充，本来已与专门做结构预测的AI团队合作，测试新型小分子与蛋白的相互作用。但迄今为止预测无一正确。
接着，科普博主颜宁从专业的角度探讨了AlphaFold与结构生物学之间的关系。
一言以蔽之，AlphaFold属于蛋白质预测模型，专注于折叠，但对结构生物学来说，在折叠之外，有三大理解问题，AI无能为力。
- 理解蛋白质的动态变化
- 理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用
- 理解在细胞原位里的状态。
目前上述领域缺乏足够数据对AI进行训练，因此模型无法对其提供正确预测。
一个典型的例子，就是去年他们团队发表了Cav2.2结构的成果。这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道，与人体痛觉传导有关。解析其结构有助于了解通道调控机理，也为相关止痛药设计研发提供思路。
