根据这五种性质，古人把身边的一切进行了分类，每一类都划归分成五行。比如粮食分为五谷；果子分为五果；蔬菜分为五蔬；牲畜分为五畜；家禽分为五禽；音阶分为五音；颜色分为五色；味觉分为五味等，不但认识外在世界上运用五行，身体上也是按五行来归类，比如面部分成五官；脏器分为五脏；体液分为五液；情志分为五志等等。
五行中的五种元素，各有不同的作用力，木有生发作用，火有煊通作用，土有运化作用，金有收敛作用，水有封藏作用。各个作用是阳气运行次序的先后，它们之间的关系称之为相生，也就是木生火，火生土，土生金，金生水。收敛作用能抑制生发作用，所以金克木；煊通作用强过收敛作用，所以火克金；封藏作用又强过煊通作用，所以水克火；运化作用又能化解封藏作用，所以土克水。生发作用建立运化作用之上，所以木克土。
我们可以把这个五行理论看成是古人建立的系统模型，现代科学对于未知领域的研究也是如此。首先是建立假设性模型，再拿实际的结果套入模型，如果有差异，则修正模型；多次修正后，模型和真理才会慢慢趋于一致。比如太阳系的行星的发现，也是先建立太阳系模型，再依据这个模型推算在某个位置应该有行星的存在，后来果然在预测的位置找到了太阳系的新行星。原子结构的研究，当时在没有任何设备能够实际看到原子内部的结构。科学上的原子结构理论，也是先建立了假设性模型， 再用各种原子的现象逐渐验证，才慢慢找出原子可能的结构。医学上研究DNA也是如此，先提出DNA双螺旋结构的假设模型，近几年科技发展才观测到真实的结构形态。
五行理论是人们认知世界的工具和方法，很像物理学的系统模型。它是一个假设性的模型，不但对世界万物进行了详细说明和分类，还对各类别之间的互相关系进行了说明，甚至还对人和自然界的关系也做了详细的陈述。五行相生补其不足，相克制其太过。相生相克，使世界维持运动中的平衡。天地之气，和平则无病，相生则和，相克则平。古人用阴阳五行理论来认识和归纳世界及其之间的关系在科技远未达到认清世界本质的阶段实是在非常的科学。有了这种理论模型，中医在推论疾病的原因时，有更多推理的因素和逻辑，可以更精确的找到疾病的原因。
例如便秘，中医往往会开一些清肺的药物来治疗和缓解，因为肺和大肠互为表里。有时手肘的疼痛和心脏疾病有关，因为手少阴心经在手臂内侧运行。而在建立在器官解剖的医学体系里，没有这种关系，所以很难找到和认定病因。
