大多数人关于蜂蜜变黑想到的理由是变质，这是其中的一种可能性。蜂蜜虽然保存良好的情况下可以保存很久，但是也存在变质现象。当蜂蜜中水分含量大于21%时，就会为酵母菌的生存提供适宜环境，适当条件下酵母菌大量的生长繁殖，分解其中的葡萄糖和果糖，产生一定的二氧化碳和酒精，蜂蜜随即出现变质现象。
蜂蜜变质后表面往往会有一层气泡，闻起来有酒精味道，颜色也会有所变化，有些蜂蜜变质后可能会变黑，通常变质后的蜂蜜中含有大量的细菌，这时不宜再继续食用。除此以外，有些蜂蜜颜色变黑是一种正常的变化，主要与保存温度、保存时间有关。一般来说，蜂蜜在高温环境下贮存更容易变黑。
与此同时，保存时间的增加也可能会加深蜂蜜颜色。当蜂蜜放置时间较长，蜂蜜中的还原性物质慢慢氧化，会促使蜂蜜颜色加深，有些深色蜂蜜颜色进一步加深，就会看起来像是黑色。如果这种情况下，蜂蜜存在不变质的可能，田野牧蜂建议大家检查蜂蜜气味和外观，确认没有变质即可食用。不过由于受到高温和保存时间的影响，蜂蜜的营养价值可能会有所下降，食用价值随时下降。
