在改善肠道微生物方面，另一项备受关注的技术，就是益生菌。益生菌是大多数天然存在于人体肠道内的细菌，也存在于发酵的食物中（如酸奶），主要包括不同种属的双歧杆菌和乳酸菌。益生菌被定义为活的微生物，当数量足够多时，对健康就有益。益生菌被称为“良性细菌”或“有益细菌”，可以通过膳食补充剂、酸奶和栓剂获得。
如今，已经有许多研究者做了一些针对益生菌临床试验的研究。一些强有力的证据证实了益生菌对儿童腹泻和成年人肠道易激综合征的预防和治疗作用，应用前景包括预防和减少早产儿坏死性小肠结肠炎（一种急性肠道疾病）的发生。潜在的应用前景可用于治疗肥胖症、降低胆固醇水平和治疗肠道易激综合征。益生菌还可能产生其他影响，包括生产抗菌化合物，并通过与有害细菌竞争营养成分，与益生元一起把有害细菌挡在体外。
遗憾的是，按照目前的情况来看，围绕益生菌的一个问题就是，相对于进行扎实的研究，人们更多的是拿它来炒作。比如，益生菌对人体肠道健康有益的特点在单独环境下是否能起作用尚未得到证实。对于在超市里买到的微生物制品，在被运到超市并且放在货架上之后，大多数人也不清楚里面是否还有活性微生物——微生物只在极其特定的环境里才能生存。
当然，我们在编辑和改变自身微生物群落的时候，也在改变自己的生活，改变自己和后代的生存状态。细菌群落甚至会影响我们的味觉和嗅觉。一项2010年的果蝇实验研究显示，食物结构相同的果蝇倾向于相互交配，而不去考虑其他果蝇。而一旦这些果蝇开始摄入抗生素，它们就会自由地和其他任何果蝇交配。
当然，从人体微生物组中研发的技术，也可以应用到宠物、家畜、野生动物身上，甚至用在地球之上。在这样的背景下，人们就可以把微生物看作连接人类健康、动物和环境的一张网，并最终理解如何改善身体内部的微观生态系统和我们自身的生态系统。（本文首发钛媒体APP）
