中药的来源十分广泛，而且品种繁多。种类一多，各自有各自的名称，则五花八门，但是中药的命名都有一定的说法，并不是随意命名。比如有的根据功效命名，而有的以用药的部位来命名等等。中药的命名方法丰富多彩，大致概括为以下几点：
以药物功效命名：这类药的名称就能看出其主要的药物功效。例如决明子，功效是明目清肝，主治眼科疾病；千年健，祛风湿、强筋骨，保千年体健；益母草，主治妇科疾病，例如妇女月经疾病、产后腹痛等等。
以用药部位命名：中药的来源及其广泛，包括动物、植物、矿物等，不同来源取材部位有不同的，有些用根茎，有些用叶，有些用皮，有些用果实等。比如植物药里面的芦根，茅根等以根茎入药。桑白皮、苦楝皮以植物的根皮入药。大青叶、桑叶、苏叶等则以叶入药。菊花、款冬花、旋复花则以花入药。动物药也有类似的规律：例如龟甲、鳖甲、水牛角、熊胆、全蝎等等。从名字就能知道用药的部位。
因产地命名：我国地大物博，自然环境复杂多样，水土气候各不相同，自然孕育不同的动植物。其药用价值也不可一概而论。也就是前面所提到的“道地药材”，例如川黄连、川续断。广陈皮、云苓（茯苓）、吉林参等等。通常在药物的名称面前加产地的简称，一目了然。
因形态不同的命名法：植被的形状往往是千变万化，富有其特殊性的。能给人留下深刻的印象。很多中药因其特别的形态命名。例如大腹皮，形状类似大腹而得名。乌头，其根块形似乌鸦的头而命名。牛膝，茎节膨大，类似牛的膝盖，因而命名牛膝。一系列中药因其特殊的形状的命名。
有些药物因其具有特殊的气味而命名。例如麝香，因香气远射得名。丁香、茴香等香料药材，均是因为其具有特殊的芳香而得名。不只是香味，一些特殊的气味甚至是腐臭味也有用来命名的，例如鱼腥草因其具有浓烈的鱼腥味得名。败酱草、臭梧桐等是因为具有特殊的臭味得名。
有些中药则是因滋味而命名，例如五味子，皮肉甘酸、核仁辛苦、果身具有咸味，故名五味子。苦参，因为其味道甚苦，故名苦参。酸枣仁，因其味酸而命名。
因颜色而命名者：中药来源于自然，具有各种不同的天然的颜色，某些药物就以其颜色而命名。例如色黄的有黄连、黄芩、黄芪等。色黑的黑丑、墨旱莲、乌玄参等。色白的有白芷、白矾、薤白等。色红的有红花、红枣、朱砂等。色青的有青黛、青皮、青蒿等等。
有些中药则因其生长季节的不同而命名：例如半夏在夏季农历五月间采收，故名半夏。夏枯草生长至夏至后枯萎，故名夏枯草。
因人名而得名：某些中药材药名具有浓厚的传奇色彩，甚至是附带民间传说，多半以发现者或者是首位使用者的名字进行命名。例如使君子，相传是潘州郭使君治疗儿科的常用药；杜仲、刘寄奴、牵牛子、徐长卿等等皆类似。
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