自上世纪80年代中起，20余年时间里，虽然政府三令五申不允许擅自“违建”，但在经济发展的指挥棒下，监管尺度其实较松。
深圳市对“违章建筑”的管理可追溯至1999年。这一年，深圳市发布了指导性文件，将农村非农用地、宅基地上转让兴建的建筑列入违章建筑，禁止非本村村民买卖宅基地和在其上合作兴建住宅，称将对已发生的违法行为“清理和处罚”，对后续违法“从重查处”。
但是，政府部门并未随之发布具体实施办法，导致指导性政策出台后，出于法不责众和抢搭末班车的考虑，反而出现了一波抢建潮。
2002年，配套实施办法终于出台，即后来被称为“两规”的政策。“两规”分别针对私房和生产经营性房屋。总结来说，在1999年3月5日之前兴建的房屋，被定性为“历史遗留违法建筑”。除占用农村保护区、水源保护区等特殊情况外，这些“历史遗留违建”在补交罚款后，可以确认产权，拿到不动产权属证书。对1999年3月5日之后的新增违建，从严查处。
但当年的“清理和处罚”，其实是用罚款换产权，且仍未明确新增违建将如何“从严查处”。所以2002年之后，兴建小产权房的势头并未被遏制。
到了2009年，深圳市委再对“违法建筑”发文。这一次的新动作是对历史违建全面摸底排查，并依据不同情形给出了确权、拆除、没收等多种处理方法。不过，以上三种方法并未覆盖所有的小产权房。
在拆除和没收的适用情形中，最主要的一条是“非法占用已完成征、转地补偿手续的国有土地”。但是在深圳，仍有不少小产权房是建在农村土地上的。
这就要说到深圳的土地性质了。1992年，深圳特区内开展“统征”，特区内土地全部国有化，农民市民化。2004年，深圳市特区以外的区域又实行“统转”，将改革方案推广至全域。
至此，深圳市成了全国第一个没有农村的城市。理论上，所有的土地全部国有化。但这只是理论上，在实际执行过程中，仍然有很多土地留在了村集体和村民手中。
这背后的原因复杂。前述熟悉深圳土地政策人士介绍，原因之一是当时有不少园地、林地，以及村里已在实际使用的建设用地，名义上虽转为国有，实质上并没有转。对这些地，政府人员与村委并没有签转地协议，而只是口头上传达土地已转为国有。此外，对园林地等，当时的操作方式是让村集体自行上报。这个过程里，一些地租意识较强的村集体虚报瞒报。
由于有未完成征收补偿手续的土地，加上已有大批房屋抢在2004年“统转”前建成了，拆除、没收等限制措施的适用范围仍有限。而且，2009年的政策还有这么一条：“经普查记录的违法建筑，尚未按照本决定和相关规定处理前，可以允许有条件临时使用。”这条语焉不详的临时使用条款，让该政策的强制力更弱了。
直到2013年，深圳市政府在更宏观层面开启了土地管理制度改革。作为改革的一环，2013年末，深圳市终于为2009年的政策发布了试点实施办法，对如何摸查、确权、拆除没收、临时使用给出了阐释。
