在碳市场的数据采集、监测、报告及核查制度（MRV）方面，全国碳市场对数据质量提出了更高要求，目前的数据采集和监测方式还需要完善。
碳排放量的采集监测方法主要有两种：一是基于核算，二是基于连续监测，通过直接测量烟气流速和烟气中CO2浓度来计算碳排放量，主要通过连续排放监测系统（CEMS）来实现。
中国目前仅采用基于核算的方法采集监测排放量。利用CEMS实测的方式可避免因核算过程人为因素干扰造成的数据失真，不过成本稍高一些。目前，生态环境部已选择个别火电机组安装CEMS系统，试点连续监测法。
有业内人士认为，核算和连续监测法并不相互排斥，未来有可能两者共存，优势互补。
全国碳市场另一个体制上的缺失是，碳排放抵消制度仍未出台。抵消机制是指允许碳交易体系外的温室气体减排项目产生的减排量“冲抵”承担减排义务的重点排放单位的温室气体排放量，从而为重点排放单位提供除提交碳排放权（排放配额）之外的另外一种完成清缴义务的手段。
在国外诸多碳市场以及中国各地区的试点碳市场里，均引入了抵消碳排放的制度。
《碳排放权交易管理办法（试行）》规定，全国碳市场里，管控企业使用CCER抵销碳排放的比例上限为5％，但尚未出台相关细则。
欧盟碳市场的经验
碳市场的诞生与发展，与全球能源、工业以及经济转型息息相关。走在转型前列的欧洲，建立了欧盟碳市场这个全球规模最大、历史最长的碳市场，是中国碳市场学习的富矿。
欧盟碳市场于2005年启动，目前涵盖欧盟27个成员国以及冰岛、列支敦士登和挪威等国家。欧盟在碳市场启动之初，就设立了不同阶段运行的路线图，和其气候目标紧密结合。
第一阶段为2005年－2007年的试运行学习阶段，每年欧盟排放总量目标设定为21.1亿吨二氧化碳当量。
第二阶段与《京都议定书》的第一个承诺期同步，即2008年-2012年，其间欧盟碳市场扩大了减排范围并设定了更为严格的总量，即20.9亿吨/年二氧化碳当量。
第三阶段为2013年－2020年，2013年排放总量为20.8亿吨二氧化碳当量，此后以每年1.74％的幅度递减。第四阶段为2021年－2030年，欧盟排放交易体系涵盖更多温室气体与行业，总量目标以年度2.2％的速率递减。
除了总量目标不断降低、覆盖行业越来越多，欧盟碳市场在这四个阶段里还调整配额分配方式、碳抵消机制等因素。例如，欧盟碳市场第一阶段主要根据“祖父法”原则（以某一给定基准期的历史排放水平为主要考量的分配方式）免费分配配额，在第二阶段，配额分配改为免费和拍卖两种方式。
欧盟碳市场运行初期，配额发放较为宽松，交易量由低到高。初期碳价波动较大，后又长期处于低位。
