因为他乃是坐镇大宁的藩王，大宁这个地方，不比其他的边关重要性低，也是重兵把守的地方，加之常年和蒙古的作战，军队的实力非常地强，建文帝不会放心宁王如此做大下去，迟早也要对朱权动手，所以朱权选择相信自己的兄长朱棣。
朱棣还有一个巨大的优势，那就是他在朱家中的辈份已经是当时数一数二的了，这种身份让建文帝多次吩咐下属，不可以直接斩杀朱棣，而是要把朱棣“请”回来。
这并不是建文帝不恨朱棣，不想要朱棣被消灭，实在是背负上“弑叔”的罪名太难听了，就算是后来的明宣宗朱瞻基杀掉了朱高煦，都难眠数月，甚至下半生都在担忧别人拿这件事情来做文章。
对外朱棣一致表示只想“自保”，而且他也并没有说自己要造反，只是模仿西汉吴楚七王之乱的时候，要求皇帝把“建议削藩”的文臣交出来，只是汉景帝把晁错腰斩了，叛乱还没平息，而建文帝则是交都不交，显然他也想让朱棣一直反抗，最终找到机会名正言顺“除掉”朱棣。
朱棣登基：恩怨的尘埃落定。
从双方拥有的力量上来讲，建文帝在明面上是有着巨大优势的，如果在一开始，谁说建文帝一方会输，那么这简直是一个玩笑话，可后来建文帝的表现，却让他变得像是一个玩笑。
在抵御朱棣的靖难大军的时候，建文帝重用了李景隆，谁知道被建文帝寄予厚望的李景隆却是个“草包”，比如他带着五十万大军围攻没有朱棣坐镇，仅有朱高炽防守的北京城，结果竟然是李景隆没有攻下，反而还因为主力转移被朱棣一路势如破竹。
这次战役没有让建文帝吸取到教训，反而还继续重用李景隆作战，要知道朱棣和李景隆完全不是一个级别的军事家，建文帝此举就是在自毁长城，因此在经历几次大战后，都是以建文帝一方失败告终，南京朝廷的力量损失惨重。
数年大战下来，建文帝从胜券在握变得惶恐不安，而在失败中，最可怕的事情发生了，那便是他十分信任的李景隆，已经在暗中和朱棣有了”勾结”，在朱棣打到南京城的时候，正是李景隆打开的城门，南京就此轻松被朱棣攻陷，可以说不费吹灰之力。
在皇宫中的建文帝或许是知道此事，也或许是还没来得及知晓，就点燃了皇宫，在朱棣等人赶到时，皇宫已经变成了一片火海，等众人扑灭火焰，却已经找不到任何建文帝的踪迹了，建文帝的历史，便在这一年戛然而止。
占领了南京的朱棣，没有做一些扶持建文帝的儿子当傀儡的把戏，他直接登基当皇帝，即便是方孝孺对他破口大骂，他都没有因此而改变丝毫的主意，而后将骂他的方孝孺诛灭十族，踏着血登上皇位。
朱棣登基如此顺利，还是因为他的“身份”问题，他本身就是朱元璋的儿子，还是马皇后的儿子，也就是朱元璋的嫡子，在继承皇位的资格上，只会比建文帝更适合，正是因为建文帝乃是朱元璋所立的太孙，所以建文才会当上了皇帝。
马皇后真的是朱棣的生母吗？
马皇后的早逝，让大明朝几个藩王的“身世”成了谜，这几个藩王，正是朱樉、朱棡、朱棣、朱橚。
就拿朱棣来说，他的生母是否为马皇后，一直是个谜团，虽然在正史的记载上，马皇后就是朱棣的生母，可这里面不排除朱棣为了在登基后，加强自己继承皇位的“合法性”，把自己的身世改为马皇后亲子，如此一来，他就是朱元璋“嫡子”了。
之所以朱棣的生母是马皇后存疑，那就是因为在朱棣所供奉的朱元璋“后宫”的牌位中，有一个妃子李氏的牌位很显眼地被单独放在西边，这种摆放方法，和单独在主位上的马皇后灵位极其相似，所以这位妃子的地位是独特的，最好的解释，那便是：她就是朱棣生母。
“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”
如果马皇后真的不是朱棣的生母，假如她也还在世的话，那么朱棣的靖难之役即便是胜利了，朱棣的皇位也是难坐上去的，除非朱棣把马皇后也除掉，不被辈份所压制，不然的话，一切的大局，还是得由马皇后主导。
