别看朱文圭当时才2岁，一个婴孩儿宝宝而已，但他可是建文帝朱允炆的血脉，有他在朱棣当上皇帝也不会安稳，毕竟有谁不服朱棣想造反，只要打出辅佐建文帝遗孤复位的口号就足够了，所以虽然朱文圭仅2岁，但是对朱棣的威胁也很大。
但是朱棣却出奇地没有把朱文圭杀掉，他登基为帝之后，只是宣布废除朱文圭皇室宗籍身份，将朱文圭废为庶人终身圈禁起来。朱棣敢杀掉齐泰、黄子澄、铁铉、方孝孺等建文帝的忠臣，却能保全对他的皇位威胁很大的朱允炆的儿子，这也是让人意想不到。
其实这也很可能印证了朱允炆并没有自焚而亡的猜测，朱允炆很可能是趁乱带着儿子朱文奎逃跑了。而朱棣正是知道自焚的人可能并不是朱允炆，因此他也认为朱允炆出逃了。他担心朱允炆将来打出复国的名号，这样也会让他十分棘手。
所以朱棣故意留了朱文圭一命，他也是为了留后手，如果朱允炆真的起兵复国，那么朱棣就可以随时以朱文圭来让朱允炆投鼠忌器，朱文圭也算是朱棣留下来对付朱允炆的一张底牌。
还有就是朱棣看到年仅2岁的侄孙朱文圭也于心不忍，毕竟朱棣也是人，这个襁褓中的孩子是他亲大哥朱标的孙子，也是他的侄孙子，血脉相连，他也不忍心下死手。因此朱棣最后只是把朱文圭废为庶人终身圈禁起来。
虽然朱棣没有杀掉朱文圭，但其实朱文圭的人生说起来也是生不如死。朱棣可以给朱文圭吃喝，但是朱文圭基本都处于朱棣的监视之下，并且朱棣不允许他读书识字，更不允许任何人与朱文圭接触交流。
朱棣命人将朱文圭圈禁在老家凤阳广安宫中，每天吃喝都有供给，但是人身自由受到严重限制，而且还不让与旁人交流，除了照顾他的人几乎见不到外人，就好像被圈养的动物一般。
当然，朱文圭自2岁起就被圈禁关在屋子中，他连屋子都没出过，从记事起也就没拥有过自由，所以他也感受不到失去自由被人像动物一样圈养的痛苦。
朱文圭的这种动物般的圈养生活一直持续了55年，在57岁时他被堂侄明英宗朱祁镇下旨释放。他历经了朱棣、明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基再加明英宗朱祁镇和其弟景泰帝朱祁钰五个朝代。
毕竟朱文圭的身份敏感，他是朱允炆的儿子，因此朱棣去世之后，即便朱高炽和朱瞻基父子对建文旧臣都加以宽恕，但是对朱文圭还是始终严格监视和提防。而后来朱祁镇在位初期还有他弟弟景泰帝朱祁钰在位期间也都没考虑过释放朱文圭的事，主要都是不想给自己找麻烦，谁让朱文圭身份太敏感了。
释放朱文圭的事还得是朱祁镇二次复位历经了人生大起大落有了感慨才决定的。当初朱祁镇不顾劝阻，执意率军亲征蒙古瓦剌部，结果千里送人头，酿成了土木堡之变，大明全军覆没，朱祁镇本人也被瓦剌部抓获，在这种情况下朱祁镇的弟弟朱祁钰才气孙太后和于谦等重臣的支持下继位，以皇帝身份号召天下勤王，打赢了北京保卫战。
后来朱祁镇被瓦剌部释放，身份就尴尬了，朱祁钰已经成了皇帝，他只能成为太上皇。可是朱祁钰对朱祁镇十分猜忌，因此朱祁镇被释放之后一直被软禁起来。直到后来夺门之变爆发，朱祁钰被废，朱祁镇重新复位为帝。
朱祁镇先经历了一年的俘虏生涯，后来又被弟弟朱祁钰软禁了七年，这使得他复位之后性情大变，开始悲天悯人。他看到朱文圭已经被圈禁了55年，又联想到自己被软禁的生活，因此他不顾群臣反对，执意下旨释放了朱文圭。
当朱祁镇下旨释放朱文圭时，很多朝臣都认为朱祁镇此举无异于自找麻烦，都建议他不要释放朱文圭。《明史》记载了朱祁镇十分自信地对群臣说道：“有天命者，任自为之。”
朱祁镇的意思就是如果上天注定朱文圭当皇帝，那么自己就听天由命了。朱祁镇下旨释放朱文圭也赢得了清流文臣的赞赏，翰林学士李贤就称赞朱祁镇此举堪比尧舜。
