清宫三日，诸宫人、女官、内官多诛死，惟得罪于建文者乃得留。—《明史纪事本末卷十六·燕王起兵》
现存的明史中，对建文帝的记载比较有限，源于朱棣是篡位登基的，在修太祖实录和宫廷档案时，涉及建文帝的部分，被朱棣毫不客气的删节和篡改，所以我们现在能看到的建文帝家庭成员记载仅有一后两儿，但明初的后宫制度是比较宽缓的，除固定皇后一人外，妃子均不限制人数，可想建文帝是有妃子的，一个不见记载，可想全被朱棣屠杀抹掉了。
图为建文帝朱允炆画像。
一后就是马皇后，16岁嫁给朱允炆，被朱元璋封为皇太孙妃，朱允炆即位封为皇后，生了两个儿子，长子朱文奎，生下来就被建文立为太子，次子朱文圭。
图为朱棣画像。
朱棣打到南京城后，建文帝在一场大火中，带着6岁的太子朱文奎失踪，《明史》记载“莫知所终”，所以这对父子的结局成了千古之谜，马皇后则在这场大火中自焚而死，估计在最后关头和建文帝有了分歧，葬于大火，《明史》记载“城陷，崩于火”。
明中都凤阳遗址。
最悲剧的要数建文的次子朱文圭，他虽然活下来了，但什么叫行尸走肉，在他一生就能体现，朱棣打到南京城后，爸爸跑了，妈妈死了，就剩下2岁的朱文圭被活捉，连同建文的2个弟弟，朱允熥和朱允熞，全部被废为庶人，禁锢在凤阳，《明史》记载“幽之中都广安宫”，史料将其称为建庶人。
图为福建宁德上金贝村旁的建文帝陵墓指示牌，有传闻建文出逃南京后，叶落于此。
幽禁，就是监禁，四面都是高墙，终年不见天日，朱文圭这一幽禁，就达50多年，历永乐、洪熙、宣德、正统、景泰五朝，洪熙、宣德、正统、景泰四朝对其不闻不问，直到英宗复辟才想起，将他放了出来，此时朱文圭已56岁了，因常年幽禁，与世隔离，朱文圭连牛马都不认识，当年经历过此事的内阁大臣李贤在《天顺日录》中写道“出见牛马亦不识”，不久就死去了。
朱棣带兵进城，马皇后发现丈夫建文帝不见了踪影，猜测他十有八九已遇难，她不愿独活，毫不犹豫在宫中自焚，后来被追封为“孝愍让皇后”。
建文帝的长子名叫朱文奎，是马皇后所生，三岁就被立为太子。据说，朱文奎出生当天，天降异象，曾祖父朱元璋眉头紧皱，望着天空说了“日月皆终，大凶之象”八个字。
朱棣带兵来到皇宫，到处搜寻侄子及其家人的下落，却发现不仅建文帝不见踪影，就连朱文奎也跟着失踪了。
除了朱文奎之外，建文帝还有一个儿子，即次子朱文圭，其生母也是马皇后，可见建文帝独爱马皇后一人。或许时间太仓促，建文帝只带着长子走了，来不及带朱文圭，所以只有两岁的朱文圭留在皇宫，被明成祖朱棣发现。
两岁的娃娃，对朱棣没有任何威胁，但朱棣依旧不放心，派人把朱文圭安置在凤阳的宫殿，其实就是囚禁起来。
年幼的朱文圭，直至五十多年后，才被复辟的明英宗放出来。也就是说，明英宗之前的三位皇帝，即明成祖、明仁宗和明宣宗，始终对囚禁着朱文圭。
由于朱文圭一直被关押，没有机会与外界接触，获得自由后连牛羊都不认识，真是让人闻之落泪。
明英宗之所以释放朱文圭，是因为他自己被弟弟关了七年，深知那种痛苦，加上朱文圭已经快六十了，不具备任何威胁，所以才这么做吧。
在靖难之役后，建文帝朱允炆下落成谜，史书记载他引火自焚了，但是后来他那篡位成功的叔叔明成祖朱棣却还暗中派人寻找他，因此大侄子朱允炆去哪成了中国历史上的一个大谜团。
靖难之役时朱允炆已经有两个儿子，那么靖难之役后朱棣又是如何对待他的儿子呢？其实从朱棣对待朱允炆儿子的事情上或许就能解开朱允炆是逃是死之谜。
妻子马皇后自焚而亡，长子朱文奎下落成谜
在明太祖朱元璋二十八年（1395年）时，朱允炆就在朱元璋的安排下与光禄寺少卿马全之女马氏成婚，紧接着在次年就生育了长子朱文奎。
