游戏中秀真的超长围巾
《Shinobi忍》并非2002年E3唯一公开预告片的忍者游戏，潜入大作《天诛3》以及系统如同格斗游戏的Xbox版《忍者龙剑传》都引起了关注。清水徹欢迎其他厂商为忍者游戏带来创新，但“忍”系列的历史早于“天诛”和“忍者龙剑传”系列，他认为世嘉无需追随其他系列，将“纯粹动作游戏”的魅力发挥到极致才是《Shionbi忍》的目标。
“杀阵”系统可谓《Shinobi忍》的灵魂所在，秀真所持的妖刀“恶食”刻有“临兵斗者皆阵列在前”的九字真言，每次斩杀一个敌人都会点燃一个汉字，恶食的攻击力因此成倍增长。使用普通攻击需要几十刀才能磨掉的Boss可以被九字杀阵一刀解决。因此，《Shinobi忍》的Boss战思路和其他游戏截然不同，玩家需要在回避中等待Boss召唤杂兵，然后一举利用杀阵结束战斗。
刻有九字真言的妖刀恶食
杀阵的持续时间只有5秒，如果在5秒内没有斩杀新的敌人，杀阵就会中断。另一方面，恶食作为一把吸食灵魂的妖刀，若得不到供奉，就会吸食秀真自身的体力，本作的系统逼迫玩家成为一名高效率的忍者，保障了游戏的快节奏。
从一开始，大场规胜就认为，《Shinobi忍》应该采用3D而非2D玩法，理由在于3D空间可以容纳更多的敌人、更复杂的战斗。为了制造杀阵，秀真需要调整自身和敌人的走位，这一控场技巧和MD时代的《怒之铁拳》颇为类似。不过，玩家对于本作的Boss战颇有争议，就算是熟知所有控场技巧的顶级高手，也无法保障每一场Boss战都能进入理想情况，《Shinobi忍》的运气因素比其他游戏更明显。
在不追求高分的情况下，即使没有杀阵，利用忍术也可以快速搞定Boss。本作的Boss战阶段可以无限重来，但杂兵战阶段没有存盘点，一旦战败就只能重头来过。杂兵战阶段带有大量即死悬崖地形，对于初次通关的新手而言，摔死的次数不亚于战死。Xbox版《忍者龙剑传》的导演板垣伴信就是因为摔死太多次，一怒之下放弃了通关的念头。
杂兵战充满了悬崖地形
即使新手对悬崖地形颇有微词，大场规胜和清水徹还是保留了这一设计，他们认为即死悬崖可以保持初次通关的紧张感，熟练背版后摔死的次数也会大幅降低。清水徹认为，一款游戏的核心设计不可能满足所有人，如果新手认为游戏的难度适中，高手就得不到满足，反之亦然。本作的设计偏向高手，这是设计者自己的选择。
《Shinobi忍》还有一些比较搞笑的设计，岩浆在本作中并非即死地形，秀真甚至可以消耗一部分体力踩着岩浆走路，但只要掉进河里，秀真就会立刻完蛋。这种设计源自大场规胜的恶趣味，他认为旱鸭子主角是“忍”系列的传统。
本作的视角问题也让很多玩家颇有微词，因为主角的移动速度太快，战场形势瞬息万变，玩家需要频繁使用L1键手动调整视角。清水徹表示，这样的设计也是刻意为之，如果游戏的视角更为自动化，场面只会更加混乱。
尽管《Shinobi忍》不是一款完美的游戏，却依然算得上是一款整合度极高的游戏，上述问题就算用20年后今天的眼光来看，也找不到完美的解决方式，所有的缺点都是为了优点而做出的牺牲。如果《Shinobi忍》放弃了杀阵和高速战斗，这些缺点可以得到解决，可是，游戏也落入俗套。一款优缺点同样鲜明的游戏，远好过缺乏个性的平庸之作，这就是清水徹眼中世嘉游戏的生存之道。
东京儚谭
清水徹希望《Shinobi忍》能够让PS2玩家回到MD时期，回到那个“只要通关一次就能获得无穷回味和满足感”的动作游戏黄金时代，因此他对本作的艺术风格极为重视。限于成本，《Shinobi忍》的画面并不算华丽，场景重复度较高，但潇洒的围巾和杀阵系统很大程度上弥补了画面的不足，Boss战的场景和角色设计也倾注了开发团队的心血，保障了玩家在过关后的满足感。
韵味十足的Boss战场景
按照常理，土林诚这种飘逸的画风并不适合3D游戏，然而土林诚本人具备3D美术能力，他让2D原画在变为3D模型后依然保留了原有的神髓。此外，作为《Shinobi忍》的主美，土林诚也负责了大量场景原画，为开发团队拿捏艺术风格提供了参考。血月照耀下的黄金城，樱花盛开的宽永寺，岩浆浇灌的神社……这些场景都是精心为秀真和Boss打造的决战舞台。
