独尊儒术在学术上造成了很坏的后果，特别是东汉以后谶纬盛行，儒学成了神学；解释五经的章句也日趋烦琐，动辄几万甚至几十万言，使经学失去了生命力。经学化、神学化的儒学，逐渐失去维系人心的作用。魏晋时期的国家分裂，大一统的帝国不复存在，以儒学为表征的汉代经学衰落。玄学即“玄远之学”，主要研究对象是《老子》、《庄子》、《周易》三部经典，称作“三玄”。这种特定的学术思潮亦称“形而上学”，以“祖述老庄”、“儒道兼综”立论。魏晋玄学以道家思想为骨架，研究幽深玄远的问题，试图调和“名教”与“自然”，多方面论证二者的一致性。
南北朝直到隋唐是道教和佛教盛行的时期。很多人容易把道家与道教混淆起来，其实二者有本质不同。道家思想是一种哲学学派，而道教则是一种宗教信仰。道家思想的核心是“道”，认为“道”是宇宙的本源和统治宇宙中一切运动的法则，是世界观和方法论。道教是在道家思想理论的基础上，吸收神仙方术、民间鬼神崇拜等观念而形成的中国本土宗教，创立于汉末，最初是以民间结社的形式出现。以长生不老为最高信仰，主张清静无为，得道成仙。经过葛洪、寇谦之、陆修静、陶弘景等人的改造和充实，最终成为官方信奉和支持的宗教.
唐朝君主认为，李氏皇族是老子的后代，由于受到封建统治者的扶植，更加推动了道教的发展。佛教是外来宗教，其理论基础是因果报应和神不灭论。到了南北朝时期，涅槃学成为佛学的主要潮流，“涅槃佛性”是这一时期佛教理论的中心问题。涅槃的本意是死亡，这里指生死轮回的境界，是佛教全部修习所要达到的最高理想。佛教在隋唐时期形成了许多宗派，如天台宗、华严宗、净土宗和禅宗等。特别是禅宗，是高度中国化的佛教宗派，对中国文化思想，尤其是知识阶层产生了极其深远的影响。自此中国文化逐渐形成儒释道三足鼎立之势，特别是宋元以后，三教“体上会通，用上合流，同归于善”，成为主流。
宋明理学是封建社会后期的统治学说，以儒家思想为主，同时也吸收了佛教和道教思想，可视为儒道释思想融合的产物，又被称为哲学化的新儒学。理学中同样有不同的学派，著名的有周敦颐的“濂学”，程颢、程颐兄弟的“洛学”，张载的“关学”，朱熹的“闽学”，陆九渊兄弟的“江西之学”，王守仁的“阳明学”等。各派之间既有相同之处，又互相区别，影响最大的是理学的“道学派”，即“程朱理学”和“陆王心学”，以“心”为最高范畴，主张“理一分殊”，主要探讨性理、心理、天理人欲等问题。
到了清代，专制主义达到顶峰，特别是康雍乾三朝的“文字狱”，制造了全面的学术研究禁区。在这一时代背景下，清朝乾隆、嘉庆年间兴起了一股以考据为主要治学内容的学术思潮，注重朴实无华的治学风格，故称“朴学”，也被称为“汉学”或“考据学”。清代朴学最大的特点是重汉学、考音韵、识文字、通训诂、精考证，而不注重思想义理的阐发。
“国学”概念是在与西学对立的意义上“依他而起”的，有特定的历史境遇。在《国学概论》一书中，钱穆以思想史的变迁为线索，申明：“学术本无国界，‘国学’一词，前既无承，将来亦恐不立。特为一时代的名词。其范围所及，何者应列国学，何者则否，实亦难别。”“国学”的内涵及范围无法确定，因而概念不能成立。一些学者由价值层面出发，认为“国学”体现的是顽固守旧，不宜提倡。关于国学概念的论争，实质上都围绕着如何看待民族文化的历史传统这一基本问题。在国学热盛行的今天，我们应立足当代精神，批判继承前人的观点，首先要对“国学”的认识进行创造性转化，在民族文化建设的宽广视野中，重新认识“国学”的合理性。提倡文化不等于全面、机械地恢复传统文化，而是要用科学的方法改造传统文化。
