他认为，福全与玄烨年龄相差不多，各方面条件也很接近，但最重要的差别是，玄烨已出过痘，身体具有免疫力，这可以保证他今后不会再患有这一可怕的疾病，对大清江山必有好处。福全尚未出痘，这就不能保证他能否患此不治之症。
汤若望用西方医学知识终于说服了顺治帝，当即同意并决定立玄烨为嗣皇帝。继承人的问题已获解决，皇太后及近臣们都放下心来，顺治帝亦觉安慰。历史证明，选择玄烨——未来的康熙帝，是顺治帝为清朝做出的重大贡献之一。汤若望其功尤不可没。
时间已到了半夜，顺治帝病情继续恶化，他感到生命垂危，事不宜迟，该写遗嘱了！他命太监速将王熙与麻勒吉传来养心殿，为他起草遗嘱。
王熙，顺天宛平（北京西郊）人，顺治四年（1647年）进士，累擢至弘文院学士，至顺治十五年（1658 年）再擢礼部侍郎，兼翰林院掌院学士，再加尚书衔。
麻勒吉，瓜尔佳氏，满洲正黄旗人。顺治九年（1652 年）翻译举人会试第一，殿试一甲第一，授修撰。作为一个满洲人，科举取得优异成绩，脱颖而出。顺治帝非常器重他。次年，以兼通满汉文,“气度老成”,擢弘文院侍讲学士，后又擢学士、教习庶吉士、经筵讲官。他屡次犯错，两度该革职、籍没，都被顺治帝保护而轻处。顺治帝爱惜人才，满洲人才很少，故对他宽大。
十八年命以“原衔入直”。王熙与麻勒吉，分属汉、满，各以才学著称，又很年轻，才思敏捷。顺治帝相信他俩在紧迫的情况下，一定会把他的遗嘱完整、准确地表达出来。
王熙与麻勒吉于半夜奉召，料到顺治帝的病已处危险状态，遂以最快的速度赶到养心殿。顺治帝一见他们，有气无力地说：“已患痘症，势将不起。”吩咐他俩就在御榻前速撰遗诏。
王熙看到顺治帝不久人世，忆起往昔恩遇，不禁悲从中来“伏地欲泣”，手抖动而不能写。顺治帝勉励他抑制“哀痛”一熙遵旨，与麻勒吉边听顺治帝口述，边作记录，边整理，很快写出第一段，让顺治帝过目。这时，顺治帝气喘吁吁，呼吸困难，难以支撑。王熙急忙建议：他们据皇上刚才口述，将其余部分的遗诏内容移到乾清门撰拟，再进呈皇上过目。顺治帝点头，表示同意。
王熙、麻勒吉即退下，赶到乾清门西朝房，迅速草成遗诏全文，交给内廷侍卫贾卜嘉，转呈给顺治帝审阅。由贾卜嘉诵读、顺治帝听后，当即提出修改意见。贾卜嘉将顺治帝审后的遗诏稿，再交给王熙与麻勒吉进行修改，然后，再返给顺治密。如此往返 3 次，共修改三遍，直到顺治帝满意为止，这时，天色已明，初七日，新的一天开始了。顺治帝指示，由麻勒吉保管遗诏，等他“更衣毕”，即与侍卫贾卜嘉“奏知皇太后，宣示诸王贝勒”。
初七日，顺治帝又熬过了一天，已经是气若游丝，连睁眼的力气也没有了。御医们的医术与药方皆已用尽，此时束手无策，只有眼睁睁地看着他们的皇上停止呼吸的那一刻! 诸王大臣及宫廷执事们都在静静而不安中等待着。终于等到了半夜，顺治帝在养心殿永远地闭上了眼睛……
让历史记录下这一时刻:顺治十八年（1661年）正月初七日夜，子刻，享年24岁。
顺治帝一去世，就把他的遗诏“颁示天下”。顺治帝的遗诏与任何一位皇帝的遗诏都不同，可以说，别具一格，他不是列举自己的功劳或成就，恰恰相反，他是自责自怨，自我批判，逐一列成“罪状”, 公之于众。
顺治帝自责，列出 13 项罪过。遗诏的最后部分，公布其第三子玄烨为皇太子，持服 27 天后，释服，即皇帝位；并指定内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅臣,“保翊幼主，佐理政务”。
这篇遗诏自列罪状，学术界有一种意见，认为是母责其子之言。其实不然。顺治帝还是以佛家的心性看待人生，举凡不足，皆称“罪过”。他按佛法时时检讨自己，敢于说出自己的不足，佛教宗旨，是劝人向善，凡于人不善之行为，都被视为罪恶。顺治帝信佛，崇尚佛家清净、无欲、与人为善的信条，这反映在他多次下诏自责。
