在“文革”那段特殊的时间里,慈恩寺并没有安全的逃过这一劫难,寺院内佛像被毁,文物遭到破坏,法器丢失,僧人也被迫还俗。藏经楼中原藏有明清两代极为珍贵的两部木版"三藏"经典1600卷,也遭到了不同程度的破坏甚至遗失。
1979年后,沈阳政府落实党的宗教政策,使得流散各地的僧人陆续重返寺院,并由市政府拔款重新修缮了慈恩寺。那些遗失的经卷已重新抄写,破损部分也得到了修补。寺院宗教活动随之恢复,香烟缭绕,善信云集。焕然一新的寺院坐西朝东,占地约面积一万二千平方米。其主要建筑正面是山门,进入山门内两侧有钟、鼓二楼。寺院的建筑分为三层院。最前面一层是天王殿,三间大殿内供奉着四大天王、弥勒菩萨、韦驮菩萨的塑像。中间一层为大雄宝殿、五间大殿供奉着本师释迦摩尼佛、药师琉璃光佛、西方极乐世界阿弥陀佛。以及观世音菩萨、地藏王菩萨、文殊菩萨、普贤菩萨4位与娑婆世界有因缘的大菩萨。再往后是比丘坛和藏经楼。
慈恩寺现如今已经是沈阳城的标志,他承载着沈阳的历史,展示着沈阳的现在,护佑着沈阳的未来!
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