当患者患巨幼细胞性贫血时最常见的早期并发症为萎缩性舌炎。有研究指出，口腔黏膜是维生素B12缺乏的首发部位；且除了舌黏膜不同程度的萎缩外，维生素B12缺乏还可能发生口腔黏膜溃疡的损害。
主要的临床表现为舌头疼痛以及味觉异常等现象，同时严重的患者可影响日常生活。其导致萎缩性舌炎的主要原因可能是因为维生素B12缺乏干扰了舌黏膜上皮细胞的正常生长与更新，进而造成了舌黏膜的萎缩。同时舌黏膜的上皮细胞可能对维生素B12的缺乏更加敏感。
2.心血管系统疾病
随着人们健康意识的提高，越来越多的人提倡素食主义。虽然素食在一定程度下降低了脑卒中及缺血性心脏病的发生率，但是过度的偏食却会造成维生素B12的缺乏。
根据研究报道可知，维生素B12过度缺乏会导致机体出现一种不好的现象叫做同型半胱氨酸血症，高同型半胱氨酸血症可导致血管内皮细胞功能异常。
也就是说在缺乏维生素B12的情况下，机体的血管功能会降低，从而导致心血管方面的疾病例如中风等。曾经有科学研究报道，中风的类型与血液中缺乏的维生素水平有很大的关系。
该研究通过实验发现了50岁以下的亚洲男性中患缺血性中风的患者血液中维生素B12的水平相比较于正常人的水平是明显降低的，科学家们也比较了患者血液中叶酸的水平，却没有发现中风患者与正常人之间有明显的变化。
这个结果也告诉我们，维生素B12在心血管疾病的进展过程中起着重要的作用。也有小部分的研究说明维补充维生素B12会降低我们血管的收缩压，同时可以改善血管硬度的硬度水平，当然这一部分的研究还没有得到充分的证实，其准确性有待考究。
3.癌症相关疾病
最新的研究表明维生素B12与癌症息息相关。有研究证明维生素B12可以延缓肿瘤的发生。曾经在夏威夷有人做过一项实验，在美国夏威夷妇女中通过跟踪随访调查发现了B族维生素（这里的B族维生素不单单指维生素B12）的摄入对宫颈癌有着一定的保护作用。
同时也有来自医学专家通过多年调查的数据发现高量摄入（在医师指导下服用）维生素B12及叶酸的人，患结肠癌的风险可以降低30%至40%。因此有研究人员提出建议早期在医师的指导下合理及适当的补充维生素，可能会对于延缓癌症的发生。
