然而筑波科学城却难以留下技术，一方面由于其自身体量小、以及市场化机制不够灵活，另一方面更是因为东京这个巨大的市场虹吸所造成的。
不论是政府需要还是市场的应用需求，都在东京。在如此近的距离内，若没有较好的机制管理，技术就会「用脚」投票。
现实就是，在本地缺少应用需求的情况下，初期迁移至此的共47家国家级科研机构，现在仅剩下29家（一部分为合并），民营研究机构在1986年后出现迁入高峰后，近年也有逐渐减少，很多迁回了东京或其近郊。
2. 有「城」无生活的「睡城」
去过筑波科学城的人肯定对其行人稀少的街道印象深刻，即便是作为交通枢纽的筑波站前广场，也难掩萧条之感。为何筑波的人气会如此不足？
筑波的生活有多么令人感到乏味？建设初期的周末返京潮是一大特征。
由于建设初期的重点主要集中于公务员宿舍以及机构的迁移上，当地居民的日常消费、休闲、交往等生活需求长期被忽视。这种乏味的生活让科研人员无法长期忍受，很多人只把这里当做睡觉的地方，周末选择返回东京家中。
这样一来，消费者的大量流失让本地商业更加难以发展，而商业、休闲功能的严重缺位又逼得消费者更加远离筑波，这形成了一个恶性循环。直到1985年借着科博会的东风建成开业的CREO购物中心出现，问题才得到暂时缓解。
筑波前期增加的人口，科研人员和学生是绝对主力。而按照预期计算，筑波将会迁入20,500名科研工作者，大学生将有18,600人，合计将达39,100人。
而在初期，生活的不便和交通的困难，致使长期以来筑波的人口增长缓慢。
筑波市城市规划的全程深度参与者三井康寿，曾在1982年来到深圳考察，对于仅仅建设了3年就达到10万人口的现实深感震惊！
而当时已经建设近20年的筑波，仅达13万人，完全无法为每年以10万为单位增长的东京人口分担压力。
▼ 深圳市的城市建设、人口增长速度，是筑波极为羡慕的
由于筑波城市核心区（研究学园地区）的土地为国有土地和收购土地组合而成，虽然尽力连片，但依然非常破碎不整——过于分散的双中心结构，和极不平衡的狭长形状，都不利于人气的聚集。
▼ 筑波科学城的城市核心区卫星图，以两个站点构成双中心。主要的城区部分南北长18km，东西宽约5km，南北向交通非常不便
但筑波快线却并没有按照地块形状南北布线，而是从中央部分东西向延伸。这就导致筑波的城市核心区成为了只对汽车友好的地方，步行生活的居住者对外通达性堪比噩梦。
就连专门交流转居到筑波的生活信息的博客上，都充斥着新迁入者对街道上行人少到「安静得可怕」的说法。这种情况直到2002年社区巴士大规模开通后，才有明显缓解。
▼ 筑波的路网为汽车而设计，宽阔且行人稀少
事实上，由于没有强吸引力的城市中心，筑波的郊区化蔓延趋势已经愈演愈烈——城市核心区人口自2010年达到约7.9万人的历史高位后就常年停滞，但外围地区人口保持持续增长，这就更加弱化了城市核心区的人气活力。
从诞生时就强调田园感的筑波，其市中心若不能成为一个「浓缩街区*」的话，将很难摆脱这种「死气沉沉」的现状。
* 浓缩街区：即为在城市的一片较小的区域内高密度，高强度，多功能，混合布局的经典城市开发模式，目的是为了创造一个「小而内容丰富」的城市街区。
其实前面所提到的生活设施建设慢，以及人口不足等问题，在某种程度上也和新城启动前准备时间过长，延误了历史的最佳建设时间有一定关系。
大规模的新城建设，往往会集中爆发于一个国家工业化与城市化进展最快速的时期，这段时期也是经济增长最巅峰的时期。一旦错过这个窗口期，则步履艰难。
对于筑波当年所处的环境来说，1958—1963年从意向到确定的时间段，恰恰就是日本战后经济高速成长的黄金期，是最佳的动工时间。
然而筑波建设的宝贵时间窗口，被土地问题耽搁了。
科学城建设的前提条件是，不仅需要足够大面积的可用土地，而且要求土地具有足够的完整性与连续性。日本政府虽然掌握一些公有土地，但对于这种「国家重量级」项目，不仅不够，竟然还被迫持续压缩。
之后由当时的首都圈整备委员会（后并入原国土厅）向地方政府提出的整体规划又将面积缩减为36k㎡，而接下来的当地居民的强烈反对意见，又迫使面积近一步缩减至27k㎡。
