非议的核心在于两个「不足」：作为「科学」的产业化不足，及作为「城」的人气不足。
发展科学技术，是筑波的最大优势与特色，也是筑波作为国家级科学城的根本使命。日本政府对于筑波的初始愿景，就是通过聚集大量国家级科学要素，带动科技对产业的贡献，实现产业升级，并能比肩美国硅谷。
▼ 高能加速器研究机构（KEK）是筑波最著名的大科学装置，形成了占地约153万平米，地下深达11米的的巨型园区，集中了众多放射性科学装置，并诞生过2008年诺贝尔物理学奖得主小林诚
愿景是好的，但实现起来却不尽如人意。
筑波科学城自建立以来，其科技的产业化程度，远远配不上科研要素的配置量级，掣肘到底在哪里？
筑波科学城建设至今，已经诞生了四位诺贝尔奖获得者，三位来自于筑波大学，一位来自于高能加速器机构（KEK）。
可以说，筑波科学城最大的优势就是国家级科研资源的聚集，若有合适的机制促使这些高等级资源的技术溢出，将极大促进产业发展，这也是当初科研机构集体迁入筑波的使命。
正如前文所说，筑波科学城是一个完全由国家所主导的科学园区项目。
这种「政府主导」的方式，在建设初期，具有快速调动资源和快速建设起步的巨大优势，但在建成后运转的过程中，过度的政府干预将会大大扼杀科学技术的活跃度与产出效益。
筑波就是典型，政府对科研力量的干预，已到了事无巨细的程度——无论是迁入筑波时的选址、规划和审批，还是日后的科研任务的方向、运行和仪器的审批，甚至在筑波当地落户的民营研究机构也受政府的计划与审批限制。
▼ 东光台研究团地是筑波所划定的最主要的民营研究机构聚集地，也是日本第一个专为民营研究机构设立的园区
科学技术的生产与溢出，本就是一个有序中带着无序、在合理机制下高度碰撞和试错的过程，这个过程只有蓝本，没有范本。
过度的「程式化」只会消磨科学产出的效率。在筑波，从具有意向到技术成果产出很多时候要耗时10年，这在科技快速迭代的当今世界是难以想象的。
而机制的僵化还表现为缺乏市场化导向。
在相关法律的支持下，日本政府不仅出资建设科学城，而且还出资补贴科研机构的研发，可以说是最主要的「技术投资人」。
然而一方面国家机构的科研成果由国家政府支配，另一方面民营企业研究机构的科研成果是为自身使用的。
再加上缺少对科技市场化的协调、激励机制，这就导致科学城内看似机构规模庞大，但是各自为战，互不相通，始终不能激活技术市场化、产业化的活力。
筑波科学城发展至今约60年，国家投入的建设预算已超3万亿日元（约1,700亿人民币）——在上世纪，每年几乎近4成的国家科学投资用在了筑波身上，还有超3成国家科研人员在筑波工作，这是非常惊人的投入量。
然而直到2018年，整个筑波市的GDP也仅约合800亿人民币，这还是在国家未完全停止补贴投入的基础上产生的。
筑波科学城握有巨量的国家科研资源，却远没有发挥出相称的产出效果。
仅从对外合作研发来看，2019年筑波科学城内全部国家级科研机构与137所当地企业共同委托研究项目数超过8,000个，但相比东京大学，其一家仅在2018年就达到了4,000个。可见筑波科学城的科研资源利用率之低。
此外，筑波近年来的年均经济增长仅约3%，虽高于日本全国增长率，但从成分上看，蓬勃发展的地产业，以及由其带动的建筑业、水电气服务、邮政等行业，却成为了增长主力。
筑波划分了多达9个工业园区，但总面积仅6.15k㎡，且布局过于分散，难以形成规模效应、协作效应，制造业产值多年波动不定，从1990年至2019年，近30年间，制造业产值仅增加不到50%。
▼ 筑波市面积小，且布局极为分散的工业园区
筑波科学城的初衷是想要打造一座处处体现着前沿科学的元素，城市生活中也能处处体现科学主题的城市。
但是集合了一众高等级科研机构、诞生过多位诺贝尔奖获得者的筑波科学城，市民的普遍感受却是很难在城市生活中找到科学元素的显著影响。
作为日本历史上最年轻的副市长，也是前任筑波副市长毛塚举人就曾表达过，作为「科学之城」的筑波市民，竟然将近一半都表示生活中感受不到科技的恩惠，这确实是一大课题。
更严重的是应用场景上的不足。
