在《灵兰秘典》中，对人体的五脏六腑又进行形象拟人化的比喻：“心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也，故主明则下安，以此养生则寿，殁世不殆，以为天下则大昌；主不明则十二官危，使道闭塞而不通，形乃大伤，以此养生则殃，以为天下者，其宗大危。戒之戒之！”
心主宰人体全身，是君主之官，人的精神意识思维以及情绪感受活动都受心的管理，如同自然界背后的隐藏的规律，控制着人生的一切。肺如同宰相辅佐君主，通过呼吸调动全身的气机流动来维护身体内的气候状况。肝像将军一样的勇武，身体内的谋略智慧和弹性调节功能皆由肝进行管理。膻中围绕着心脏而接受心发出命令，如同心脏的贴身侍卫，内心的感受和想法靠它传达出来。脾和胃主管饮食消化吸收以及营养物质向全身的输送，如果管理粮仓的官员。大肠负责传导和运输，将食物的糟粕变为粪便排出体外。小肠是吸收的受盛之官，它承受从胃里下行的食物而进一步吸收和分离糟粕。
肾是人体力量的来源，它能够使人体发挥力量而产生智慧和技巧，是传递生命负责繁殖的系统。三焦是人体皮下的组织，人体脏腑中的水液与三焦通过毛细血管连接，可以对脏腑和体表中的水液起到平衡作用并进行二次分配，其作用如同河道以及闸门，可以大面积的调节人体水液分配和循环。膀胱位于躯干的最下端，汇集接收来自三焦系统的水液，依靠肾系统提供的能量，通过蒸腾作用，将有用的水分向上蒸腾滋养人体，将废水通过排尿排出体外。覆盖在背部的足太阳膀胱经络系统如同人体体表的径流系统，起着生命体“流水不腐，户枢不蠹”的功能，同时可以维持人体的生态系统，体表覆盖的流动之水犹如草原上的河流，起着对外界环境缓冲和生态平衡的作用。
人体的五脏六腑加上心包系统共12个脏腑经络系统，相互之间通过协同而实现功能。心承担着君主的绝对主导作用，内心平静安宁无烦恼，是维护健康的根本。相似的道理，君主贤明治理天下，国家则昌盛繁荣。如果内心出了问题，如同君主昏庸，包括其本身在内的十二系统就会发生混乱，经络脏腑的之间的气血流动就会丧失规律而出现流通阻滞，健康就会受到损伤。
