按照中国人落叶归根的传统，一个人身死之后，是要完完整整地葬回故里的。身体有残缺，是不可以葬入祖坟的；太监本就是不完整的男人，因此他们在下葬的时候，更应该珍惜自己的身体。如此一来，李莲英只葬一颗头颅，说明他的下葬乃是非常之举。为他举行葬礼的人，根本就找不到他的身体。
李莲英墓葬碑文上记载：退居之时，年已衰老，公殒于宣统三年二月初四日。善终，享年六十四岁。
从李莲英“后人”的说法来看，李莲英的死因乃是病逝。然而，从李莲英墓的发掘情况来看，他不仅没能善终，反而是死于非命，而且是身首异处特别残忍的那种。到底是谁杀了李莲英呢？这位慈禧身前的大红人，在死前到底遭遇了什么变故？
李莲英生前是十分会做人的，他能够得到太后的信任，除了对主子的忠心耿耿，情商也是特别的高。不过，身处权利的核心地带，在讨好一部分人的时候，就必然会得罪另一部分人。
帝后之争，李莲英不管帮谁，都势必给自己带来极大的麻烦。这些麻烦给李莲英招惹来的，自然是一波又一波的仇人。比如说同为太监的小德张、因为打击光绪帝而得罪的革命党等等。
1908年10月，慈禧太后和光绪皇帝先后去世，李莲英为了表示对太后的忠心，特留宫中为太后守孝。根据《李氏家谱》记载，李莲英在百日孝满之后，特赦出宫养老。出了宫门的李莲英，整日待在家中吃斋念佛、闭门不出。
像李莲英这样的人，在高墙之内待了几乎一辈子，猛然搬出去定然会不习惯的；伺候人时间久了奴性很难褪去。尽管主子都不在了，李莲英仍然会定期去东陵拜祭慈禧。那么，究竟是怎样的仇人，会对一位退役的太监下毒手呢？
事情还得退回1908年，这一年对于清王朝而言，实在是太特么悲催了：不到两天的功夫，大清的两位掌舵人先后离去。这就不得不让人产生怀疑，世上真的有如此巧合之事？
根据坊间传闻，慈禧太后临死前，自知大限将至，为了死后得到安息，她不惜毒杀光绪帝；执行下毒任务的，就只有李莲英了，因为其他人慈禧根本就信不过。不管这件事是不是真的，满清皇室都是宁可信其有，如此，李莲英就成了皇室的枪口。
然而，宣统三年的大清国，也是百足之虫死而不僵。面对全国的革命形势，清政府在没有证据的情况下，也不好正大光明地对一个太监下手。既然不能明着来，那就玩儿阴的呗。
于是，在一个晴朗的下午，李莲英从清东陵祭拜归来的路上，被一伙刺客围住。未等李莲英开口，这帮刺客已经率先动身，将他的脑袋斩下，李莲英当时就毙命了。李莲英死后，刺客根据皇室的指示，将他的头颅扔在李莲英的家门口，算是对他大半生功绩的肯定。
李莲英的家人得知他的死讯之后，很快就猜到了死因。你想啊，李莲英作为皇室的奴才，竟然对自己的主子下毒，这本就是不忠之举。如今他的新任主子前来索命，他的家人不管有怎样的质疑，也只能往肚子里咽。
面对皇室的阳谋，李家人这个闷亏是吃定了。目的已然达到，皇室也就没必要把事情给做绝了。为了掩人耳目，李家人只好对外声明李莲英因病去世，并将他的头颅隆重地下葬在恩济庄的太监公墓里。
至于为什么李家为什么不敢公布李莲英的真实死因，大概就只有李家人自己知情了。
